검인계약서 취득가액, 실제 매매대금도 인정될까요?

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

"오래전에 땅을 사면서 관청 검인을 받은 계약서에는 실제보다 낮은 금액을 적었습니다. 이제 팔려고 하는데, 실제로 준 금액으로 양도세를 계산할 수 있나요?"

실제 매매계약서와 영수증 원본, 날짜·금액이 맞는 금융기록이 함께 확인된 사건에서 조세심판원은 실제 매매대금을 취득가액으로 인정했습니다. 출금 기록만 있거나 실제 계약서·지급 증빙이 부족한 사건은 검인 금액이나 환산취득가액으로 계산됐습니다. 검인계약서는 계약 내용대로 작성된 것으로 추정되므로, 실제와 다르다는 점은 납세자가 자료로 입증해야 합니다.

아래에서

①검인계약서 취득가액을 두고 무엇을 다투는지
②법원과 국세청이 검인계약서 금액을 어떻게 보는지
③실제 매매대금을 인정한 사건
④인정하지 않은 사건
⑤심판원이 판단할 때 본 사정

순서로 봅니다.

검인계약서 취득가액은 무엇을 두고 다투나요?

다툼은 검인계약서 금액과 실제 매매계약서 금액 가운데 어느 쪽을 실제로 지급했는지입니다. 양도세를 계산할 때 취득가액은 실지거래가액이 원칙입니다.

소득세법 제97조2026. 7. 1. 시행

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 … 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

(이하 생략)

조문은 실지거래가액을 적용하라고 정할 뿐, 계약서가 두 장일 때 어느 금액이 실지거래가액인지는 정하지 않습니다.

실지거래가액을 확인할 수 없으면 납세자가 가액을 고르지 않고 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순서대로 적용합니다. 세무서의 추계 결정·경정에서는 이 셋 다음 순서가 기준시가입니다.

확인할 수 없을 때의 가액: 소득세법 시행령 제163조 제12항 / 세무서의 추계 순서: 소득세법 제114조 제7항, 소득세법 시행령 제176조의2 제1항·제3항

법원과 국세청은 검인계약서 금액을 어떻게 보나요?

대법원은 검인계약서가 특별한 사정이 없는 한 계약 내용대로 작성된 것으로 추정되고, 실제와 다르다는 점은 그렇게 주장하는 쪽이 입증해야 한다고 판시했습니다.

세무서도 이 추정을 근거로 듭니다. 아래 첫 인정 사례(조심 2026소0949)에서 세무서는 검인계약서 금액을 취득가액으로 봤고, 개인 사이의 영수증은 임의로 작성할 수 있으며 잔금일 출금액이 비슷해도 실제 수령자가 확인되지 않는다고 했습니다.

국세청은 검인계약서의 기재 금액을 취득 당시 실지거래가액으로 인정할 수 있는지는 사실판단할 사항이라고 2009년 2월 19일 회신했습니다(재산세과-599).

검인계약서 추정: 대법원 93누2353, 대법원 91누5938

실제 매매대금을 인정한 경우는?

두 사건 모두 경정청구가 거부된 뒤 심판원에서 실제 매매대금을 인정받았습니다.

오래전에 취득한 토지를 2024년에 양도하며 검인계약서 금액으로 신고한 사건입니다. 검인계약서에는 계약금·중도금 없이 매매대금이 일시불로 적혀 있었고, 실제 매매계약서에 적힌 특약사항도 검인계약서에는 없었습니다. 중도금 자료는 찾지 못했고 이체 상대방도 확인되지 않았지만, 실제 계약서와 계약금·잔금 영수증 원본이 있었습니다. 잔금일 출금액이 잔금과 본인이 부담한 중개수수료를 더한 금액과 거의 일치했고, 잔금 영수증 작성일과 출금일도 같았습니다. 심판원은 증빙이 사후에 임의로 작성된 정황이 없다고 보고 실제 계약서 금액을 취득가액으로 하여 세액을 경정하라고 판단했습니다(조심 2026소0949).
토지를 양도하며 낮은 검인계약서 금액으로 신고한 뒤 실제 매매대금으로 경정청구한 사건입니다. 문서감정에서 매매계약서 등이 거래 무렵 작성됐을 가능성이 높다는 소견이 나왔고, 심판원은 계약금이 통상 매매대금의 10% 내외라는 거래관행과 계약금으로 지급한 자기앞수표 액면을 근거로 매매대금이 적어도 일정 금액 이상이었다고 추정했습니다. 전 소유자 측이 인감증명서를 붙여 낸 사실확인서와 전 소유자의 통장 원본·대금 사용 내역도 있었습니다. 심판원은 주장한 매매대금이 실제로 지급됐다고 보고 경정청구 거부처분을 취소했습니다(조심 2023서8273).

실제 매매대금을 인정하지 않은 경우는?

두 사건에도 금융기록은 있었지만 주장한 금액을 전 소유자에게 지급했다는 사실은 확인되지 않았습니다.

토지 취득가액을 검인계약서 금액보다 높은 금액으로 경정청구했다가 거부된 사건입니다. 취득일까지 본인이 아닌 명의의 계좌에서 출금된 기록은 있었습니다. 심판원은 「출금 사실만 확인될 뿐, 전 소유자에게 지급되었음을 입증할 구체적·객관적인 증빙자료가 제출되지 않았고」 청구인 본인의 부담분도 제시되지 않았다며 기각했습니다(조심 2026구0573).
환산취득가액으로 신고한 다가구주택의 취득가액이 조사에서 전 소유자가 낸 검인계약서 금액으로 경정된 사건입니다. 청구인은 그 계약서가 다운계약서이고 임대보증금 인수분을 더해 더 지급했다고 주장했습니다. 심판원은 그 계약서에 계약금·중도금·잔금 일정이 자세히 적혀 있고 같은 기간 청구인 계좌의 출금 합계가 그 금액과 거의 일치해 임의로 작성된 계약서로 보기 어렵다고 판단했습니다. 보증금 인수분을 적은 계약서가 없고 관계인 확인서와 분실 뒤 다시 쓴 계약서로는 주장 금액이 확인되지 않는다며 기각했습니다(조심 2025서1520).

검인 금액과 주장 금액이 모두 받아들여지지 않은 결정도 있습니다. 심판원은 검인계약서 금액으로 한 과세를 유지하지 않았지만, 실제 매매계약서와 대금 지급 증빙이 부족하다며 납세자가 주장한 금액도 인정하지 않았고 달리 제시된 매매사례가액·감정가액이 없어 환산취득가액으로 경정했습니다(조심 2025서2318).

심판원은 무엇을 보고 판단했나요?

심판원은 계약서·영수증·금융기록이 각각 어느 금액의 지급과 맞는지를 대조했습니다. 아래는 법정 요건이 아니고 위 사건들에서 심판원이 든 사정입니다.

계약서 기재: 검인계약서에 계약금·중도금 없이 매매대금이 일시불로 적혀 있고 실제 계약서의 특약사항이 없음(인정, 조심 2026소0949). 지급 일정이 자세히 적힌 검인계약서는 임의로 작성된 것으로 보지 않음(부인, 조심 2025서1520)
출금과 맞는 금액: 잔금일 출금액이 잔금·중개수수료 합계와 거의 같고 잔금 영수증 작성일에 출금(인정, 조심 2026소0949). 출금 합계가 검인계약서 금액과 거의 같음(부인, 조심 2025서1520)
수령자 쪽 자료: 전 소유자 측 사실확인서와 통장 원본(인정, 조심 2023서8273). 출금만 있고 전 소유자에게 지급된 증빙이 없음(부인, 조심 2026구0573)
작성 시기: 거래 무렵 작성 가능성이 높다는 문서감정 소견(인정, 조심 2023서8273). 분실 뒤 다시 쓴 계약서(부인, 조심 2025서1520)
증빙으로 보지 않은 것: 당시 수표로 지급하는 관행이 있었다는 주장과 취득 1년 넘게 지나 받은 감정가액이 주장 금액과 비슷하다는 사정(조심 2026구0573), 기준시점을 소급해 평가한 감정가액과 다른 객관적 증빙 없는 관계인 확인서(조심 2025서1520)

첫 인정 사례에서 심판원은 실지거래가액을 적도록 부동산등기법이 바뀐 2006년 6월 1일 전에는 실제 매매계약서와 따로 낮은 금액의 검인계약서를 낸 경우가 있었다는 점도 함께 봤습니다. 위 다섯 사건의 부동산은 모두 그 날짜 전에 취득한 것입니다.

심판원은 이 관행을 보조 사정으로 들었고, 실제와 다른 계약서를 작성한 것을 면책하지는 않았습니다.

정리하며

확인할 것은 다음입니다.

실제 매매계약서와 계약금·중도금·잔금 영수증의 원본이 있는지
계좌 출금의 날짜·금액이 영수증과 실제 계약서 대금에 맞는지
검인계약서와 실제 계약서의 대금 구분·특약·날인이 어떻게 다른지
법정신고기한이 지난 뒤 5년인 경정청구 기한이 남았는지

빠진 자료는 새로 만들지 말고 빠진 그대로 설명해야 합니다. 어느 금액을 입증할 수 있을지 판단하기 어렵다면 담연 세무회계의 양도세 경정청구 상담에 남겨 주세요.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

통장에서 돈이 나간 기록만 있어도 인정되나요?

출금 기록만으로는 인정되지 않았습니다. 계좌 출금 사실은 확인됐지만 전 소유자에게 지급됐다는 자료가 없어 기각된 사건이 있습니다(조심 2026구0573).

실제 매매계약서를 분실했으면 어떤 가액으로 계산하나요?

다른 자료로도 실지거래가액을 확인할 수 없으면 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 순서로 계산합니다. 세무서가 추계할 때는 그다음에 기준시가를 적용합니다(소득세법 제97조 제1항 제1호, 제114조 제7항, 소득세법 시행령 제176조의2 제3항).

경정청구가 거부되면 언제까지 다퉈야 하나요?

바로 심판청구를 하려면 거부 통지를 받은 날부터 90일 이내입니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 원칙적으로 이의신청 결정의 통지를 받은 날부터 90일이고, 결정기간 안에 통지를 받지 못한 경우 등에는 법에 정한 예외가 있습니다(국세기본법 제68조 제1항·제2항, 제61조 제2항).