검인계약서 취득가액, 실제 계약서 금액으로 경정청구

Q: 경정청구가 거부되면 언제까지 다퉈야 하나요?

바로 심판청구를 하려면 거부통지를 받은 날부터 90일 이내입니다. ((국세기본법 제68조 제1항)) 이의신청을 먼저 거쳤다면 원칙적으로 이의신청 결정통지를 받은 날부터 90일이고, 결정기간 안에 통지를 받지 못한 경우 등에는 법에 정한 예외가 있습니다. ((국세기본법 제68조 제2항, 제61조 제2항))

Q: 취득할 때 낸 취득세도 취득가액에 들어가나요?

들어갑니다. 매입한 자산의 취득원가는 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 더한 금액입니다. ((소득세법 시행령 제163조 제1항 제1호, 제89조 제1항 제1호))

검인계약서 금액으로 신고했는데, 세무서는 왜 실제 계약서를 믿지 않았나요?

검인계약서는 특별한 사정이 없으면 계약 내용대로 작성된 것으로 추정된다는 것이 과세관청과 심판원이 함께 쓰는 판단 기준이기 때문입니다. 이 추정은 소득세법 제97조에 적힌 문장이 아니라 심판 결정과 국세청 회신의 판단 기준입니다. 국세청도 착오·허위 여부는 사실관계를 종합해 판단하고, 실제 거래금액이 반드시 검인계약서 금액과 일치하는 것은 아니라고 회신했습니다. (서면인터넷방문상담4팀-2202, 서면인터넷방문상담4팀-1110) 두 회신은 2005년 것이라 판단 기준으로만 참고합니다.

이 기준에서 증명할 것이 둘로 나뉩니다. 하나는 검인계약서가 실제 거래를 제대로 적은 것이 아니라는 반증이고, 다른 하나는 내가 주장하는 금액을 실제로 지급했다는 증명입니다. 앞의 것을 보였다고 해서 내가 주장하는 금액이 곧바로 취득가액이 되지는 않습니다.

거부 논거는 네 가지였습니다.

검인계약서의 추정을 번복할 구체적 반증이 부족하다는 것

취득가액은 시세 추정이 아니라 실제 지급액의 문제이므로, 시차가 있는 주변 거래가격으로는 번복하기 어렵다는 것

결정	납세자에게 있던 것	부족했던 것	결과
조심 2026소0949	계약서·영수증 원본, 수수료 영수증, 잔금일 출금	중도금 자료, 이체 상대방 확인	실제 계약서 금액으로 취득가액 경정
조심 2025서2318	영수증, 엇갈린 작성시기 감정결과	실제 매매계약서·대금 지급증빙	환산취득가액으로 경정, 나머지 기각
조심 2026구0573	취득일까지의 배우자 계좌 출금	전 소유자에게 지급된 자료, 본인 부담분	전부 기각
조심 2025부2128	검인계약서와 다른 신고계약서	다른 금액을 실제로 지급했다는 돈의 흐름	실제 금액 주장 배척, 일부만 반영해 경정

네 사건을 나눈 것은 서류의 이름이나 장수가 아니라 어떤 거래에 얼마를 실제로 지급했는지를 자료들이 서로 설명해 주는가였습니다. 다음 순서로 맞춰 보시기 바랍니다.

당초 양도소득세 신고서와 취득가액 산정근거
검인계약서와 실제 매매계약서 원본의 계약일·대금 구분·특약·날인 차이
계약금·중도금·잔금 영수증과 금융내역의 지급일·금액·상대방·용도 연결
중개수수료 영수증 등 출금액에 잔금 외 비용이 들어 있는지 보여 줄 자료
문서감정 회신 등이 있다면 그 원본과 확인된 범위
거부통지서·이의신청 결정서와 그 수령 기록

빠진 자료는 새로 만들지 말고 공백대로 설명하셔야 합니다. 취득 뒤 공사비의 필요경비 증빙은 양도세 필요경비 증빙에서 다뤘습니다.

이미 신고한 취득가액은 언제까지 바로잡을 수 있나요?

스스로 신고해서 낸 세금이라면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구할 수 있고, 기한후신고를 한 사람도 청구할 수 있습니다. (국세기본법 제45조의2 제1항) 기준은 법정신고기한이지, 부동산을 산 날도 실제 계약서를 찾은 날도 세금을 낸 날도 아닙니다. 세무서의 결정·경정으로 늘어난 과세표준·세액 부분은 그 통지를 받은 날부터 3개월 이내에 청구해야 하고(2025년 1월 1일부터 3개월, 종전 90일), 이때도 법정신고기한 후 5년 안이어야 합니다. 이 3개월은 아래의 심판청구 90일과는 다른 기한입니다. (국세기본법 제45조의2 제1항 단서, 법률 제20611호 부칙 제6조 제1항)

경정청구가 거부된 뒤 바로 심판청구를 하려면 거부처분이 있음을 안 날, 통지를 받았다면 그 통지를 받은 날부터 90일 이내에 해야 합니다. (국세기본법 제68조 제1항) 작성일이나 발송일이 아니라 내가 받은 날입니다. 이 사건처럼 이의신청을 먼저 거쳤다면 원칙적으로 이의신청 결정의 통지를 받은 날부터 90일이고, 결정기간이나 재조사 뒤 처분기간 안에 통지를 받지 못한 경우에는 법에 정한 예외가 있습니다. (국세기본법 제68조 제2항, 제61조 제2항)

경정청구의 일반 절차와 처리기간은 종합소득세 중심으로 쓴 경정청구 5년 기한과 절차에서, 양도 연도별 5년 기한표는 양도세 환급 경정청구에서 다뤘습니다. 거부 뒤 90일 안에 심판청구하는 시간표는 1세대1주택 거주요건 예외에, 세무서가 거부해도 끝이 아닌 이유는 2009~2012년 취득 주택 중과 배제에, 경정청구 5년과 고지 처분 불복 90일의 구분은 일시적 2주택 전입신고 요건에, 수정신고로 더 낸 뒤 경정청구로 되찾은 경로는 조정대상지역 거주요건 예외에 있습니다.

2026년 2월 27일 시행된 시행령 개정으로 취득원가 조문의 준용 문구가 바뀌었지만 매매대금을 얼마 지급했는지 다투는 이 유형에는 영향이 없고, 실지거래가액 원칙을 정한 소득세법 제97조 제1항 제1호는 2024년과 2026년 9월 12일 현재의 문언이 같습니다. (소득세법 시행령 제163조 제1항 제1호, 대통령령 제36129호 부칙 제1조)

정리하며

검인계약서의 낮은 금액으로 취득가액을 신고했더라도, 실제 매매계약서와 계약금·잔금 영수증 원본, 잔금일 출금내역, 중개수수료 영수증이 같은 지급을 가리키는 것으로 확인되면 실지거래가액으로 바로잡을 수 있습니다. 2026년 6월의 결정은 취득가액을 실제 거래금액으로 경정하라고 한 인용 결정이고, 빠진 자료가 있는 채로 나머지 자료의 연결로 인정된 개별 사실판단입니다. 검인계약서가 틀렸다는 것만 보이고 실제 금액을 증명하지 못하면 내 주장 금액이 아니라 법이 정한 순서의 다른 가액으로 계산되고, 출금 기록만으로 전부 기각된 사건도 있습니다.

오래 보유한 부동산을 팔고 옛 계약서 두 장 중 어느 금액이 취득가액인지 살피고 계시다면 계약서·영수증·금융내역이 같은 지급을 가리키는지 먼저 확인하시고, 낮은 금액으로 신고한 뒤 경정청구를 거부당하셨다면 경정청구 5년과 심판청구 90일은 기산점이 다르므로 기한부터 확인하시기 바랍니다. 취득가액 증빙의 대조와 경정청구·불복까지 담연 세무회계의 양도세 경정청구 상담에서 함께 검토하겠습니다.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

통장에서 돈이 나간 기록만 있어도 실제 취득가액으로 인정되나요?

출금 기록만으로는 인정되지 않습니다. 계좌에서 돈이 나간 사실은 확인됐지만 전 소유자에게 지급됐다는 구체적·객관적 자료가 없어 전부 기각된 사건이 있습니다. (조심 2026구0573) 인정된 사건에서는 실제 계약서와 날인된 영수증, 중개수수료 영수증, 영수증 작성일과 같은 날의 출금이 서로 연결됐습니다. (조심 2026소0949)

검인계약서 금액이 실제와 다르다는 것만 보이면 실제 계약서 금액으로 인정되나요?

아닙니다. 검인계약서에 대한 반증과 내가 주장하는 금액의 증명은 별개입니다. 실제 매매계약서와 대금 지급증빙이 부족해 납세자가 주장한 금액을 인정하지 않고 환산취득가액으로 경정한 결정이 있습니다. (조심 2025서2318)

경정청구가 거부되면 언제까지 다퉈야 하나요?

바로 심판청구를 하려면 거부통지를 받은 날부터 90일 이내입니다. (국세기본법 제68조 제1항) 이의신청을 먼저 거쳤다면 원칙적으로 이의신청 결정통지를 받은 날부터 90일이고, 결정기간 안에 통지를 받지 못한 경우 등에는 법에 정한 예외가 있습니다. (국세기본법 제68조 제2항, 제61조 제2항)

취득할 때 낸 취득세도 취득가액에 들어가나요?

들어갑니다. 매입한 자산의 취득원가는 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 더한 금액입니다. (소득세법 시행령 제163조 제1항 제1호, 제89조 제1항 제1호)

검인계약서 취득가액, 실제 계약서 금액으로 경정청구 세무서 거부 뒤 영수증과 출금내역으로 인정된 양도세 사례