조정대상지역 거주요건, 계약금 일부도 인정될까요?

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

분양계약을 하면서 1차 계약금을 냈고, 2차 계약금을 내기 전에 그 지역이 조정대상지역으로 지정됐습니다. 잔금을 치르고 입주했지만 2년을 채우지 못한 채 집을 팔려고 합니다.

세무서 단계의 기준은 계약금 완납이라, 마지막 계약금을 지정 뒤에 냈다면 거주 2년을 요구합니다. 조세심판원은 2017년 8월 2일 이전 계약분에 적용되는 2017년 부칙 사건에서, 계약서의 분납 일정대로 1차 계약금을 낸 무주택 세대에게 거주요건을 적용하지 않았습니다. 계약금을 낸 날 세대에 다른 집이 있었던 사건은 지정 전 계약이어도 인정되지 않았습니다.

아래에서

① 조문이 「계약금을 지급한 사실」이라고만 쓴 대목
② 법제처·기획재정부·국세청의 완납 해석
③ 일부 지급을 인정한 사건
④ 인정하지 않은 사건
⑤ 심판원이 본 사정

순서로 봅니다.

지정 전 계약 거주요건 예외는 무엇을 두고 다투나요?

조문은 「계약금을 지급한 사실」이라고만 써서, 계약금을 나눠 낼 때 1차 계약금으로 족한지 완납까지 필요한지를 정하지 않았습니다.

소득세법 시행령 제154조 제1항2026. 10. 1. 시행

① … [취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 …)에 있는 주택의 경우에는 … 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, … 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

(중략)

4. 삭제<2020.2.11>

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

취득 당시 조정대상지역에 있던 주택은 보유 2년에 더해 거주 2년을 채워야 1세대1주택 비과세를 받습니다. 제5호는 그 예외로, 공고가 있은 날 이전에 계약하고 계약금을 낸 무주택 세대는 거주기간의 제한을 받지 않습니다.

거주요건을 처음 둔 2017년 개정 시행령의 부칙은 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류로 확인되는 주택에, 계약금 지급일 현재 세대가 무주택이면 거주요건이 없던 종전 규정을 적용합니다. 이 부칙도 제5호와 같이 「계약금을 지급한 사실」이라고만 씁니다. 계약금을 나눠 냈다면 어느 날을 계약금 지급일로 보느냐가 다툼입니다.

2017년 계약분 경과 규정: 소득세법 시행령 부칙 대통령령 제28293호 제2조 제2항 제2호

국세청은 계약금 일부 지급을 어떻게 보나요?

법제처와 기획재정부, 국세청은 모두 계약금을 전부 낸 경우만 예외로 봅니다.

법제처는 2020년 12월, 제5호와 2017년 부칙의 「계약금을 지급한 사실」은 계약금 전부를 지급한 경우만 해당한다고 회답했습니다. 계약금 일부를 먼저 내고 잔액을 나중에 내기로 했다면 마지막 계약금을 낸 날을 기준으로 주택 보유 여부를 본다는 점을 이유로 들었습니다.

기획재정부도 2020년 4월, 2017년 부칙의 대상은 2017년 8월 2일 이전에 계약하고 「계약금을 완납한 사실」이 증빙으로 확인되는 주택이라고 회신했습니다.

국세청은 2022년, 1차 계약금을 2017년 8월 2일 이전에 내고 나머지를 그 뒤에 낸 주택에 거주요건을 적용한다고 회신했고, 2025년 3월 회신에서도 같은 해석을 냈습니다. 현행 제5호 사안에서는 1차 계약금을 낸 뒤 다른 주택을 취득하고 계약금을 완납한 세대가 계약금 지급일 현재 무주택에 해당하지 않는다고 회신했습니다.

법제처 회답: 법제처 20-0577 / 기획재정부 회신: 기획재정부 재산세제과-316 / 국세청 회신: 서면-2022-부동산-0430, 기준-2024-법규재산-0173, 서면-2020-부동산-4922

지정 전 계약 예외를 인정한 경우는?

두 사건 모두 2017년 8월 2일 이전에 분양계약을 해 2017년 부칙이 쟁점이었고, 계약금 일부만 낸 뒤 지역이 지정됐습니다.

재건축 일반분양 아파트를 계약하며 1차 계약금을 냈고, 입주자모집공고와 공급계약서가 미리 정한 날에 2차 계약금을 냈는데 그 사이 지역이 지정됐습니다. 집을 양도한 뒤 비과세로 신고했으나 세무서는 완납이 지정 뒤라며 양도세를 고지했습니다. 심판원은 납부 일정을 시공사가 정했고 계약을 해제하면 총 공급가격의 10%를 위약금으로 물도록 한 공급계약서 조항 때문에 1차 계약금만 낸 상태에서도 계약이행 의무가 생겼다고 보아 부과처분을 취소했습니다(조심 2025서3501).
공동명의로 분양받은 두 청구인이 분양계약서의 분납 일정대로 계약금을 두 번에 나눠 냈고, 두 번째는 지정 뒤였습니다. 2024년 집을 양도해 비과세로 예정신고했다가, 세무서가 계약금 완납이 지정 뒤라고 통지하자 수정신고로 세금을 더 냈습니다. 2025년 그 세금을 되찾으려고 낸 경정청구가 거부되자 심판청구를 했습니다. 심판원은 부칙이 「계약금을 지급한 사실」이라고만 정했고, 분납 일정대로 일부를 낸 사람도 완납한 사람과 같이 신뢰를 보호할 필요가 있으며, 청구인들이 부칙 적용을 위해 지급 시기를 조절하지 않았다고 보아 경정청구 거부처분을 취소했습니다(조심 2025서2287).

지정 전 계약 예외를 인정하지 않은 경우는?

지정 전에 계약했어도 계약금을 낸 날 세대에 집이 있었다면 예외를 받지 못합니다.

2017년 7월 일반 매매로 주택을 계약하고 그날 계약금을 냈지만, 그날 세대가 아파트 두 채를 갖고 있었습니다. 심판원은 계약금 지급일 현재 2주택을 보유했다는 이유로 심판청구를 기각했습니다(조심 2023서3457).
2014년 분양계약을 하고 계약금을 두 번에 나눠 냈는데, 두 번 모두 배우자가 다른 주택을 갖고 있던 기간이었고 지역은 2018년 지정됐습니다. 심판원은 계약금 지급일 현재 배우자가 다른 주택을 보유해 현행 제5호를 적용하기 어렵다고 보아 심판청구를 기각했습니다(조심 2022중7255).

심판원은 무엇을 보고 판단했나요?

심판원은 분납 일정을 계약자가 정할 수 없었는지와 1차 계약금만으로 계약이행 의무가 생겼는지를 봤습니다.

계약금 분납 일정이 입주자모집공고나 분양계약서에 미리 정해져 있었는지
부칙을 적용받으려고 계약 시기나 금액을 조절한 사정이 없는지
1차 계약금만 낸 상태에서도 위약금 조항에 따라 계약이행 의무가 생겼는지
1차 계약금 지급이 이체확인증 같은 금융증빙으로 확인되는지
계약금 지급일 현재 세대에 주택이 없었는지

다만 일부 지급을 인정한 두 결정은 2017년 부칙 사건이고, 법제처와 국세청은 현행 제5호도 완납 기준으로 봅니다.

2025년 10월과 2026년 7월에 새로 지정된 지역에서 계약금을 나눠 내는 중이라면 분양계약서의 납부 일정과 위약금 조항, 입주자모집공고, 계약금 이체 기록을 보관해야 합니다. 마지막 계약금을 낼 때까지 세대에 다른 집이 없어야 국세청 기준의 무주택 요건도 채웁니다.

새 지정: 국토교통부공고 제2025-1223호, 국토교통부공고 제2026-882호 / 제5호 해석: 법제처 20-0577, 서면-2020-부동산-4922

정리하며

확인할 것은 다음입니다.

1차 계약금과 마지막 계약금을 낸 날이 각각 공고일 앞인지 뒤인지
분납 일정이 분양계약서나 입주자모집공고에 미리 정해져 있었는지
계약금을 낸 날마다 세대에 다른 주택이 없었는지
이미 신고했는지, 고지나 경정청구 거부를 받았는지

마지막 계약금이 지정 뒤였다면 세무서 단계에서는 인정받지 못할 것을 전제로 증빙을 모으고, 처분을 받으면 기한 안에 심판청구로 다퉈야 합니다. 계약서의 납부 일정과 세대의 주택 보유 이력을 함께 보면 다툴 여지가 있는지 판단할 수 있으니, 자료를 가지고 양도세 상담을 남겨 주시기 바랍니다.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

가계약금만 지정 전에 냈어도 예외가 되나요?

국세청 해석으로는 예외가 되지 않습니다. 2017년 8월 2일 전에 가계약금만 내고 본계약은 그 뒤에 한 사안에서 국세청은 계약금 완납 기준으로 회신했습니다. 심판원이 인정한 두 사건은 지정 전에 본계약을 하고 계약서의 분납 일정대로 1차 계약금을 낸 경우입니다. (서면-2020-부동산-3298)

공고 당일 계약하고 계약금을 냈다면요?

공고 당일 계약도 「공고가 있은 날 이전」에 포함됩니다. 국세청은 무주택자가 조정대상지역 공고 당일 매매계약을 하고 계약금을 낸 경우 거주요건을 적용하지 않는다고 회신했습니다. (소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호, 서면-2021-부동산-0624)

이미 과세됐거나 경정청구가 거부됐다면 어떻게 하나요?

고지나 경정청구 거부를 받았다면 처분이 있음을 안 날(통지를 받은 날)부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 스스로 신고했거나 수정신고로 더 낸 세금은 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 양도세 경정청구를 할 수 있습니다. (국세기본법 제45조의2 제1항, 국세기본법 제68조 제1항)