조정대상지역 거주요건, 지정 전 계약이면 예외 계약금 일부만 냈어도 비과세를 인정한 심판례

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

재건축 일반분양 아파트 분양계약을 체결하고 계약 당일 1차 계약금을 낸 사람이 있습니다. 계약금은 분양대금의 10%를 1차는 정해진 금액, 2차는 나머지 금액으로 나눠 내도록 입주자모집공고와 공급계약서에 미리 정해져 있었고, 2차 납부일이 오기 전에 아파트 소재지가 조정대상지역으로 지정됐습니다. 정해진 날짜에 2차 계약금을 내고 잔금까지 치른 뒤 2년을 거주하지 않은 채 이 집을 양도해 1세대 1주택 비과세로 신고했는데, 세무서는 계약금 「완납」이 지정 이후라는 이유로 2년 거주요건을 적용해 양도소득세를 과세했습니다. 조세심판원은 2026년 1월 이 부과처분을 취소했습니다. (조심 2025서3501)

결론부터 말씀드리면, 조정대상지역 지정 공고 전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급했으며 계약금 지급일 현재 세대 전체가 주택을 보유하지 않았다면 2년 거주요건은 적용되지 않습니다. 규정이 요구하는 것은 「계약금을 지급한 사실」이 증빙서류로 확인되는 것이고, 문언에 완납이라는 낱말이 없기 때문입니다. 기획재정부와 국세청은 계약금 전액을 완납해야 한다고 해석해 왔지만, 조세심판원은 시공사가 정한 일정대로 계약금 일부만 지급한 사안에서 이 해석을 잇따라 배척했습니다. 다만 그 해석이 변경되거나 철회됐다는 사실은 확인되지 않아, 신고나 경정청구 단계에서는 지금도 거부될 수 있습니다. 계약금 지급일에 세대가 주택을 보유하고 있던 사건에서는 심판원도 심판청구를 기각했습니다. 어디까지가 요건이고 무엇이 인정됐는지 순서대로 정리하겠습니다.

조정대상지역 주택은 2년 거주해야 비과세인가요?

취득 당시 조정대상지역에 있던 주택은 보유 2년에 더해 보유기간 중 2년 이상 거주해야 1세대 1주택 비과세를 적용받습니다. (소득세법 시행령 제154조 제1항) 이 거주요건은 2017년 9월 19일 시행된 개정 시행령으로 신설되어 시행일 이후 양도분부터 적용됐고, 폐지되지 않은 현행 요건입니다. (대통령령 제28293호 부칙 제2조 제1항) 기준은 파는 날이 아니라 취득할 당시의 지역 현황이므로, 이후 그 지역이 조정대상지역에서 해제됐더라도 취득 당시 붙은 거주요건은 사라지지 않습니다. 보유·거주 요건의 일반적인 판정과 12억원 초과 고가주택의 계산은 1세대 1주택 비과세 요건에서 다뤘습니다.

이 요건에는 처음부터 예외가 함께 만들어졌습니다. 신설 당시의 경과규정은 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택, 그리고 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류로 확인되는 주택에는 거주요건이 없는 종전 규정을 적용하도록 했습니다. 같은 내용이 현행 조문에도 상시 규정으로 있습니다. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류로 확인되는 경우로서, 해당 세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 않는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않습니다. 경과규정과 현행 제5호 모두 「계약금을 지급한 사실」이라고만 적었을 뿐, 완납이라는 낱말은 어디에도 없습니다. 이 낱말 하나를 두고 과세와 취소가 오갔습니다.