일시적 2주택 전입신고 누락, 비과세 인정 사례
2022년 5월 9일까지 양도분 구제와 현행 3년 처분기한
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이 글은 작성일 (2026년 9월 9일) 현재 시행 중인 법령을 전제로 설명합니다.
안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.
새집을 취득하고 열흘 만에 이삿짐을 옮긴 사람이 있었습니다. 다음 날 살던 집을 팔았고, 한 달이 되기 전에 비과세를 적용한 양도소득세 예정신고까지 마쳤습니다. 다만 주민등록 주소는 옮기지 않았습니다. 농사로 생계를 잇고 있어 경작지 옆에 상속받은 주택에 주소를 두어야 했기 때문입니다. 그런데 3년 넘게 지나 세무조사가 나왔고, 비과세를 배제하는 데 그치지 않고 1세대 3주택 중과세율로 다시 계산한 고지서가 도착했습니다. 조세심판원은 2026년 2월 이 처분을 전부 취소했습니다. (조심 2025구3909)
결론부터 말씀드리면, 일시적 2주택 전입신고 요건은 폐지된 옛 규정입니다. 신규주택을 취득해 갈아타기를 준비하는 분에게는 이 요건이 없고, 처분기한은 지역과 관계없이 신규주택 취득일부터 3년입니다. (소득세법 시행령 제155조 제1항) 문제는 이 요건이 적용되던 2020년 2월 11일부터 2022년 5월 9일 사이에, 조정대상지역 안에서 갈아타며 종전주택을 양도한 분입니다. 그때 전입신고를 하지 못해 과세당했거나 비과세를 포기하고 신고했다면, 위 심판례처럼 실거주 사실과 부득이한 사유를 인정받아 구제될 여지가 있습니다. 요건의 연혁, 심판원이 과세 처분을 취소한 논거, 반대로 기각된 사례, 돌려받는 절차 순서로 정리하겠습니다.
갈아탈 때 전입신고를 해야 하나요?
현행 규정에는 이사·전입신고 요건이 없습니다. 신규주택 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도해야 하는 처분기한이 지역과 관계없이 적용될 뿐이고, 이 기준은 2023년 1월 12일 이후 양도분부터 적용되고 있습니다. (소득세법 시행령 제155조 제1항, 대통령령 제33267호 부칙 제8조) 처분기한의 상세한 적용 기준은 일시적 2주택 처분기한에서 따로 다뤘습니다.
전입신고 요건은 한시적으로 있었던 규정입니다. 2020년 2월 11일 시행된 개정 시행령이 종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있는 경우에 한해 두 가지를 요구했습니다. 신규주택 취득일부터 1년 이내에 세대전원이 그 집으로 이사하면서 전입신고를 마칠 것, 그리고 1년 이내에 종전주택을 양도할 것입니다. (구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호, 대통령령 제30395호 부칙 제15조) 두 주택 중 한쪽이라도 조정대상지역이 아니었다면 처음부터 이 요건과 무관합니다.
신설 당시에도 소급을 막는 규정이 있었습니다. 2019년 12월 16일 이전에 신규주택을 취득했거나, 그 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 확인되면 종전 규정을 적용해 전입신고 요건이 없었습니다.
이 요건은 2년 남짓 만에 폐지됐습니다. 2022년 5월 31일 공포·시행된 개정 시행령이 전입신고 요건을 삭제했고, 이 개정규정은 2022년 5월 10일 이후 종전주택 양도분부터 적용됩니다. 공포일보다 앞선 양도분까지 거슬러 적용하도록 부칙이 명시한 것입니다. (대통령령 제32654호 부칙 제3조) 따라서 전입신고 요건이 실제로 문제되는 것은 2022년 5월 9일까지 종전주택을 양도한 경우뿐입니다.
종전주택 양도일
조정대상지역 간 갈아타기에 적용된 요건
근거
2020.2.11.부터 2022.5.9.까지
1년 내 세대전원 이사·전입신고, 1년 내 종전주택 양도
(대통령령 제30395호 부칙 제15조)
2022.5.10.부터 2023.1.11.까지
전입신고 요건 없음, 2년 내 종전주택 양도
(대통령령 제32654호 부칙 제3조)
2023.1.12. 이후
전입신고 요건 없음, 지역 불문 3년 내 종전주택 양도
(대통령령 제33267호 부칙 제8조)
전입신고를 안 했는데 왜 비과세가 인정됐나요?
서두의 사건을 처음부터 따라가 보겠습니다. 1996년 12월 주택 한 채를 상속받아 경작지 옆에 두고, 2007년 3월 종전주택을 취득해 살아온 사람이 있었습니다. 2021년 12월 27일 신규주택을 취득했고, 열흘 뒤인 2022년 1월 6일 실제로 이사했습니다. 다음 날인 1월 7일 종전주택을 양도했으니 두 집을 함께 보유한 기간은 11일이었습니다. 1월 26일에는 일시적 2주택 비과세를 적용해 예정신고와 납부를 마쳤습니다. 양도가액이 고가주택 기준 12억원을 넘어, 넘는 부분의 양도차익에는 장기보유특별공제와 기본세율을 적용한 신고였습니다. (구 소득세법 제89조 제1항 제3호)
전입신고만 하지 않았습니다. 2017년부터 농업경영체로 등록해 농사를 지어 왔고, 지역 농협의 조합원 자격을 유지하려면 조합 구역 안에 주소, 거소나 사업장을 두어야 해서 경작지 옆 상속주택에 주민등록을 그대로 둔 것입니다. (농업협동조합법 제19조 제1항) 연금소득 외에 다른 소득이 없어 농작물을 수확해 파는 일이 생계 수단이기도 했습니다.
3년 넘게 지난 2025년 5월 지방국세청의 양도소득세 조사가 시작됐고, 8월 8일 과세관청은 세금을 경정·고지했습니다. 1년 내 전입신고 요건을 채우지 못했으니 일시적 2주택 비과세를 배제한다는 데서 멈추지 않았습니다. 상속주택까지 포함해 조정대상지역 1세대 3주택으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 30%p를 더한 중과세율을 적용했습니다. (구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 제95조 제2항) 비과세로 신고를 마쳤던 양도에 3주택 중과세율이 적용된 것입니다.
청구인은 8월 22일 뒤늦게 신규주택에 전입신고를 하고 그 집을 담보로 주택연금을 받기 시작했으며, 9월 심판청구를 냈습니다. 조세심판원은 2026년 2월 24일 이 처분을 전부 취소했습니다.
심판원은 전입신고 요건의 취지를 투기 목적의 취득을 걸러내려는 것으로 보았습니다. 취득 열흘 만에 실제로 이사한 사실은 처분청도 다투지 않았고 이사업체 계약서, 입주자명부, 도시가스 사용내역, 관리비 납부확인서로 뒷받침됐습니다. 11일 만에 종전주택을 양도했고, 뒤늦게나마 전입신고를 마친 뒤 그 집을 담보로 주택연금까지 받고 있으니 실거주 목적의 취득이라고 판단했습니다. 전입신고를 기한 안에 하지 못한 데에는 조합원 자격 유지와 생계 사정이라는 부득이한 사유가 있다고 보았습니다. (조심 2025구3909)
같은 결론의 선례도 있습니다. 전입신고는 못 했지만 1년 안에 세대전원이 실제로 이사하고 종전주택도 1년 안에 양도한 사안에서, 농협 조합원 자격 유지를 위해 주소를 옮기지 못한 사정을 인정해 과세 처분을 취소한 결정입니다. (조심 2023중0220) 이번 결정문도 이 선례를 같은 뜻이라고 직접 인용했습니다.
다만 이 결론은 실제 이사 사실에 다툼이 없었고 증빙이 두텁게 갖춰진 사건에서 나온 개별 판단입니다. 전입신고 누락이 언제나 구제된다는 뜻이 아니고, 같은 사정과 증빙이라야 같은 결론을 기대할 수 있습니다.
전입신고만 하면 인정되나요?
전입신고를 했어도 실제로 거주할 목적이 없었다면 인정되지 않습니다. 반대 방향의 기각 사례가 있습니다. 전입신고를 하기 전에 이미 신규주택을 세놓는 임대차계약을 맺어 두고, 전입신고 후 약 20일만 거주하다 퇴거한 사안에서 조세심판원은 전입신고 당시 30일 이상 거주할 목적이 없었다고 보아 비과세 배제를 유지하고 청구를 전부 기각했습니다. (조심 2024인4770)
기획재정부도 이 요건의 「전입신고를 마친 경우」에 해당하는지는 전입신고 당시 30일 이상 거주할 목적이 있었는지 등을 종합적으로 고려해 사실판단할 사항이라고 회신했습니다. (기획재정부 조세법령운용과-592) 결국 전입신고라는 형식을 갖췄는지가 아니라 실제로 거주할 목적이 있었는지로 결론이 나뉩니다. 주민등록이 없어도 실질이 인정되면 구제되고, 주민등록이 있어도 실질이 없으면 배제됩니다.
이미 과세당했다면 어떻게 돌려받나요?
스스로 신고·납부한 세금은 경정청구, 고지서를 받은 세금은 불복 절차를 밟습니다. 두 절차는 기한도 기산점도 다르므로 자신이 어느 경우인지부터 확인해야 합니다.
먼저 그 시기에 전입신고 요건이 걱정되어 비과세를 포기하고 스스로 신고·납부한 경우입니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서에 경정청구를 할 수 있고, 기한후신고를 한 경우도 대상입니다. (국세기본법 제45조의2 제1항) 5년의 기산점은 양도일이나 납부일이 아니라 확정신고기한이고, 예정신고만 한 경우에도 확정신고기한부터 센다는 것이 국세청의 해석입니다. (국세청 징세46101-134, 징세46101-714) 다만 이 요건이 적용되던 시기의 양도분은 연도에 따라 이미 기한이 지난 경우도 있으니, 양도 연도별로 역산한 기한 표를 양도세 환급 경정청구에서 먼저 확인하시기 바랍니다. 홈택스 신청 방법과 처리 기간, 환급될 때 더해지는 국세환급가산금은 경정청구 5년 기한과 절차에 정리되어 있습니다.
반면 위 사례처럼 과세관청이 경정·고지한 세금은 위에서 말씀드린 5년 경정청구로 다툴 수 있는 대상이 아닙니다. 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청·심사청구·심판청구 같은 불복 절차로 다퉈야 합니다. 이 사건의 청구인도 고지를 받고 심판청구로 다퉈 취소 결정을 받았습니다. 5년과 90일은 기산점부터 다른 별개의 기한이니 각각 따로 세어야 합니다.
이미 낸 양도세를 돌려받은 다른 유형도 있습니다. 직장 때문에 이사하느라 2년 거주를 채우지 못하고 양도한 경우는 1세대1주택 거주요건 예외에서, 2009~2012년에 취득한 주택을 다주택 중과세율로 신고한 경우는 중과 배제 환급에서 각각 다뤘습니다.
정리하며
일시적 2주택 전입신고 요건은 2020년 2월 11일부터 2022년 5월 9일까지 종전주택을 양도한, 조정대상지역 간 갈아타기에만 적용된 옛 규정입니다. 앞으로 갈아타는 분에게는 이 요건이 없습니다. 그리고 그 시기에 전입신고 때문에 비과세를 놓쳤더라도, 실제로 이사해 살았고 주소를 옮기지 못한 부득이한 사유가 있었다면 과세 처분 전부가 취소된 심판례가 있습니다. 다만 형식이 아니라 실질을 증빙으로 따지는 사실판단이라, 사정이 다르면 결론도 달라집니다.
이 글을 검색해서 보셨다면 그 시기의 갈아타기로 세금을 냈거나, 고지서를 받고 어떻게 대응할지 고민하고 계실 것입니다. 신고한 세금인지 고지받은 세금인지에 따라 절차와 기한이 다르고, 특히 불복 기한은 90일로 짧습니다. 결정문 수준의 증빙을 갖출 수 있는지가 관건이니, 청구서를 내기 전에 전문가와 함께 사실관계와 증빙부터 정리해 보시기 바랍니다. 담연 세무회계가 경정청구와 불복의 실익 판단부터 증빙 준비까지 함께하겠습니다.
담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.
자주 묻는 질문
2026년에 갈아타는 경우에도 전입신고를 해야 비과세가 되나요?
아닙니다. 현행 규정에 이사·전입신고 요건은 없고, 신규주택 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도해야 하는 처분기한이 지역과 관계없이 적용됩니다. 이 기준은 2023년 1월 12일 이후 양도분부터 적용되고 있습니다. (소득세법 시행령 제155조 제1항, 대통령령 제33267호 부칙 제8조)
실제로 이사해 살았다면 전입신고를 못 했어도 누구나 구제되나요?
아닙니다. 실거주 목적과 부득이한 사유가 있었는지를 증빙으로 따지는 사실판단 사안입니다. 소개한 사건은 이사 사실 자체에 다툼이 없었고 이사업체 계약서·입주자명부·공과금 내역 같은 증빙에 주소를 옮길 수 없던 생계 사정까지 인정된 경우입니다. (조심 2025구3909) 사정과 증빙이 다르면 결론도 달라질 수 있습니다.
신규주택에 기존 세입자가 살고 있어 1년 안에 이사하지 못했다면 어떻게 되나요?
옛 규정에도 단서가 있었습니다. 신규주택 취득일 현재 기존 임차인이 거주 중임이 임대차계약서 등으로 확인되고 임대차 종료일이 취득일부터 1년 후라면, 이사·전입신고와 종전주택 양도의 기한이 임대차계약 종료일까지, 취득일부터 최대 2년 한도로 늘어났습니다. 취득일 이후에 갱신한 계약은 인정되지 않았습니다. (구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호) 기존 임차인 때문에 이사가 늦어진 사안에서 실거주 목적을 인정해 과세 처분을 취소한 결정도 있습니다. (조심 2023서7545)
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