1세대1주택 거주요건 예외, 근무상 형편 1년 거주 직장 이사로 2년 못 채워도 경정청구로 환급된 사례

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

배우자와 사별한 뒤 홀로 자녀를 부양하던 사람이 자격증을 취득해 다른 시에 있는 의료기관에 취업하게 됐습니다. 어린 자녀를 데리고 출퇴근할 방법이 없어 직장이 있는 시로 이사했고, 이사한 지 3년쯤 지나 그 집을 팔았습니다. 거주기간이 2년이 되지 않으니 비과세가 아니라고 보고 양도소득세를 신고해 납부했는데, 약 4개월 뒤 이 세금을 돌려 달라는 경정청구를 냈습니다. 세무서는 거부했지만, 조세심판원은 2025년 10월 그 거부처분을 취소했습니다. (조심 2025중3171)

결론부터 말씀드리면, 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이라도 1년 이상 거주한 주택을 취학이나 근무상 형편 같은 부득이한 사유로 세대전원이 다른 시·군으로 이사하면서 양도하면, 보유기간과 거주기간의 제한 없이 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있습니다. (소득세법 시행령 제154조 제1항 단서·제3호) 이 예외를 모르고 이미 신고·납부한 세금도 법정신고기한이 지난 후 5년 이내면 경정청구 대상입니다. (국세기본법 제45조의2 제1항) 어떤 사유가 인정되는지, 무엇으로 입증하는지, 이미 낸 세금은 어떤 절차로 돌아오는지 순서대로 정리하겠습니다.

거주요건 2년은 어떤 집에 붙나요?

취득 당시 조정대상지역에 있던 주택에만 붙습니다. 1세대 1주택 비과세의 기본 요건은 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간이 2년 이상일 것이고, 취득할 때 조정대상지역에 있던 주택이면 보유기간 중 거주기간 2년 이상이 더해집니다. (소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조 제1항) 기준은 파는 날이 아니라 사는 날의 지역 현황입니다. 보유·거주 요건의 상세한 판정과 12억원 초과 고가주택의 계산은 1세대 1주택 비과세 요건에서 다뤘으므로 이 글에서 반복하지 않습니다.

이 글이 다루는 것은 그 원칙의 예외입니다. 같은 항 단서에 따라 제1호부터 제3호까지 어느 하나에 해당하면 보유기간과 거주기간 둘 다 제한을 받지 않습니다. 그중 제3호가 1년 이상 거주한 주택을 재정경제부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우입니다. (소득세법 시행령 제154조 제1항 단서·제3호) 2년을 채우지 못한 집이라도 이 예외에 해당하면 처음부터 비과세 대상입니다.

근무상 형편 특례의 요건은 무엇인가요?