2009~2012년 취득분 중과, 경정청구 되나요?

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

「2010년에 산 집을 2021년에 팔면서 2주택이라 중과세율로 양도세를 냈습니다. 그 무렵 산 집은 중과가 아니라던데 지금이라도 다시 계산해 달라고 할 수 있나요?」

2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 주택은 부칙에 따라 기본세율 대상이라, 다주택 중과세율로 낸 양도세는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구해 차액을 돌려받습니다. 양도세 중과 환급은 세율 차액에 그치고, 중과로 배제된 장기보유특별공제는 되살아나지 않습니다.

양도세 중과 환급, 세율 특례 요건은 무엇인가요?

2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도하면 다주택 중과세율 대신 기본세율을 적용합니다. 이 특례를 정한 소득세법 부칙(법률 제9270호) 제14조는 폐지되거나 적용 기한이 붙은 적 없이 지금도 효력이 있습니다.

소득세법 부칙 제14조2011. 1. 1. 시행

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1항제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

2018년 4월 1일부터 조정대상지역 다주택에 적용한 중과는 소득세법 제104조 제7항이라, 이 중과에도 부칙이 앞서는지가 다투어졌습니다. 기획재정부는 2023년 12월 이 기간에 취득한 주택이 뒤에 조정대상지역으로 지정됐더라도 그 주택을 양도하면 부칙에 따라 기본세율을 적용한다고 회신했습니다.

조세심판원은 2024년 3월 부칙이 폐지되지 않고 존속하므로 제7항보다 우선 적용한다고 판단했습니다. 수원고등법원도 2023년 6월 이 기간에 취득한 자산은 양도 시기에 관계없이 특례를 적용받는다고 판시했습니다.

현행 중과: 소득세법 제104조 제7항 / 부칙 우선 적용: 재산세제과-1422, 조심 2024서0108, 수원고등법원 2022누13943

취득일은 무엇으로, 언제 기준으로 판단하나요?

취득일이 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일 사이에 들면 양도 시기와 관계없이 부칙을 적용합니다. 매매는 잔금을 치른 날이 취득일입니다. 증여는 증여받은 날, 상속은 상속이 개시된 날, 자기가 건설한 주택은 사용승인서 교부일입니다.

소득세법 시행령 제162조2026. 10. 1. 시행

①법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

(중략)

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」 제22조제2항에 따른 사용승인서 교부일. …

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

(이하 생략)

국세청은 관리처분계획인가 뒤 조합원 지위를 승계해 받은 아파트는 자기가 건설한 건축물처럼 사용승인일이 취득일이라, 그날이 2012년 12월 31일 뒤면 부칙을 적용하지 않는다고 회신했습니다. 지분을 두 번 이상 나눠 취득한 집에는 기간 안에 취득한 지분에만 부칙을 적용한다고 회신했습니다.

취득일: 소득세법 제98조, 서면-2024-법규재산-1730, 서면-2026-부동산-1543

기본세율로 경정청구하려면 무엇이 필요한가요?

기간 안에 취득한 주택을 중과세율로 신고·납부했고 청구 기한이 남아 있어야 차액을 돌려받습니다.

2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일 사이 취득
양도 당시 조정대상지역 주택을 세대 기준 2주택 이상 보유해 중과세율로 신고·납부
양도한 다음 해 5월 31일(확정신고기한)이 지난 뒤 5년 이내

2022년 5월 10일부터 2026년 5월 9일까지 양도한 주택은 보유기간이 2년 이상이면 중과가 한시 배제됐습니다. 이 기간 양도분을 기본세율로 신고했다면 돌려받을 차액이 없습니다.
2026년 5월 10일 이후 양도분은 중과가 다시 적용됩니다. 다만 2026년 5월 9일까지 매매계약을 하고 계약금을 받은 주택(토지거래허가 대상은 그날까지 허가를 신청한 주택)은 경과조치가 정한 기한 안에 양도하면 중과가 배제됩니다. 경과조치에 해당하지 않아 중과세율로 신고한 양도도 부칙이 중과보다 앞서므로 경정청구 대상입니다.
배우자처럼 같은 세대원에게서 증여받은 집은 기획재정부와 국세청이 부칙을 적용하지 않는다고 회신했습니다. 세무서가 이 해석을 들어 경정청구를 거부할 수 있지만, 조세심판원은 증여 취득에도 부칙을 적용한다고 거듭 판단했습니다.

부칙으로 기본세율을 적용해도 중과로 배제된 장기보유특별공제는 되살아나지 않습니다. 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택은 이 공제 대상에서 제외됩니다. 조세심판원은 부칙이 장기보유특별공제를 특례로 정하지 않았으므로 다주택 요건을 갖춘 주택은 공제 대상이 아니라고 판단했습니다. 대법원도 2025년 7월 이 공제를 배제한 판결에 대한 상고를 받아들이지 않았습니다.

한시 배제: 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제12호의2, 제167조의10 제1항 제12호의2 / 장기보유특별공제: 소득세법 제95조 제2항, 조심 2024중2580, 대법원 2025두33460 / 같은 세대원 증여: 조세법령운용과-1227, 부동산거래관리과-331

세율 특례를 인정한 경우는?

2009년 배우자에게서 증여받은 집을 2020년에 양도해 2주택 중과세율로 신고한 사람이 2025년 경정청구했습니다. 세무서는 같은 세대원에게서 증여받은 주택에는 부칙을 적용하지 않는다는 기획재정부 해석을 들어 거부했습니다. 심판원은 부칙에 취득기간의 제한만 있고 취득 원인의 제한은 없어 증여 취득을 배제할 법령상 근거가 없다고 보아 세액을 경정하라고 결정했습니다(조심 2025서4130).
한 납세자가 2011년 배우자 사망으로 상속받은 집을 2021년에 양도하고 중과세율로 신고했습니다. 그 납세자가 사망한 뒤 자녀가 2025년 경정청구했고, 세무서는 같은 세대원에게서 상속받은 주택에는 부칙을 적용하지 않는다는 국세청 해석을 들어 거부했습니다. 심판원은 부칙이 상속을 제외하거나 다른 주택이 없을 것을 요구하지 않는다고 보아 거부를 취소했습니다(조심 2025서3100).

세율 특례를 인정하지 않은 경우는?

2007년 관리처분계획인가가 난 재건축 아파트의 조합원입주권을 2012년에 매수했습니다. 아파트는 2016년 사용승인을 받았고, 2019년에 양도해 중과세율로 신고한 뒤 경정청구했습니다. 심판원은 승계한 조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리이고 신축 아파트의 취득일은 사용승인일인 2016년이라 기간 안 취득이 아니라고 보아 기각했습니다(조심 2025서3348).
2012년 12월 말에 매매계약을 하고 계약금을 냈지만 2013년 2월에 잔금을 치르고 등기한 토지입니다. 국세청은 계약을 기간 안에 했어도 2012년 12월 31일이 지난 뒤 취득한 자산이라 부칙을 적용받을 수 없다고 회신했습니다(서면-2020-부동산-3364).

이미 낸 세금은 언제까지 경정청구하나요?

양도한 해의 다음 해 5월 31일(확정신고기한)이 지난 뒤 5년 안에 청구합니다. 2021년 양도분은 2027년 5월 31일, 2022년 1월 1일부터 5월 9일까지 양도분은 2028년 5월 31일이 마지막 날이고, 2020년 이전 양도분은 기한이 지났습니다. 중과가 다시 적용된 2026년 5월 10일부터 12월 31일까지 양도분을 중과세율로 신고했다면 2032년 5월 31일까지 청구합니다.

세무서가 거부하면 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구합니다. 이 90일은 5년 기한과 별개입니다.

청구 기한과 불복: 소득세법 제110조 제1항, 국세기본법 제45조의2 제1항, 제68조 제1항

정리하며

2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 주택은 다주택 중과세율 대신 기본세율 적용
중과세율로 신고·납부한 양도분만 세율 차액 환급, 장기보유특별공제는 되살아나지 않음
확정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구, 거부되면 통지받은 날부터 90일 안에 심판청구

취득일이나 중과 신고 여부 판단이 어렵다면 양도소득세 상담 안내를 보고 상담 신청을 남겨 주세요.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

돌아가신 부모님이 낸 양도세도 자녀가 경정청구할 수 있나요?

상속인인 자녀가 경정청구한 사건에서 조세심판원은 거부를 취소했습니다. 법정신고기한 뒤 5년이라는 기한은 그대로입니다(국세기본법 제45조의2 제1항, 조심 2025서3100).

2026년 5월 10일 이후에 양도한 주택도 기본세율인가요?

기간 안에 취득한 집이면 기본세율을 적용합니다. 중과세율로 이미 신고했다면 경정청구합니다(재산세제과-1422).

양도 당시 1주택이었다면 돌려받을 세율 차액이 있나요?

양도 당시 세대 기준 1주택이었다면 다주택 중과 대상이 아니어서 이 부칙으로 돌려받을 세율 차액이 없습니다. 다만 그 집 말고 조합원입주권이 있었다면 중과 판단에서 2주택으로 봅니다. 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있었는데 양도세를 냈다면 1세대1주택 비과세를 놓친 경정청구를 확인합니다(소득세법 제104조 제7항).