양도세 중과 환급, 2009~2012년 취득 주택 다주택 중과로 낸 세금, 경정청구로 돌려받은 사례

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

2009년 12월 배우자에게서 서울에 있는 주택을 증여받아 보유하던 분이 2020년 12월 그 집을 팔았습니다. 조정대상지역 1세대 2주택자에게 적용되던, 기본세율에 10%포인트를 더한 중과세율로 양도소득세를 신고하고 납부했습니다. 그리고 납부한 지 4년이 지난 2025년 6월, 이 세금을 다시 계산해 달라는 경정청구를 냈습니다. 세무서는 기획재정부 해석을 들어 거부했지만, 조세심판원은 2025년 12월 그 거부처분에 잘못이 있다고 보고 세액을 경정하라고 결정했습니다. (조심 2025서4130)

결론부터 말씀드리면, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도해 생긴 소득에는 다주택 중과세율 규정에도 불구하고 기본세율을 적용한다는 부칙이 있습니다. (법률 제9270호 부칙 제14조 제1항) 이 부칙은 별도로 폐지된 적이 없어 2026년 9월 기준으로도 그대로 유효합니다. 그래서 이 기간에 취득한 주택을 다주택 중과세율로 신고·납부했다면, 기본세율로 다시 계산한 차액을 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. (국세기본법 제45조의2 제1항) 다만 세금이 없어지는 비과세가 아니라 세율 차이만큼의 환급이고, 청구 기한이 남아 있는 것은 사실상 2021년 1월 1일부터 2022년 5월 9일 사이의 양도분입니다. 어떤 규정인지, 누가 대상인지, 거부되면 어떻게 되는지, 기한은 언제까지인지 차례로 정리하겠습니다.

2009~2012년 취득 주택은 왜 중과가 아닌가요?

그 기간에 취득한 자산에는 중과세율 대신 기본세율을 적용한다는 부칙이 있기 때문입니다. 부동산 경기가 위축됐던 시기에 만들어진 특례로, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 다주택자·비사업용토지 중과세율 규정에도 불구하고 기본세율을 적용하고, 보유기간이 2년 미만이면 단기보유 세율을 적용하도록 정하고 있습니다. (법률 제9270호 부칙 제14조 제1항)

문언이 요구하는 것은 취득 시기 하나입니다. 언제 팔았는지에 대한 제한도, 어떻게 취득했는지에 대한 제한도 문언에는 들어 있지 않습니다. 조세심판원은 이 문언을 근거로, 위 기간에 취득한 자산은 그 양도 시기에 관계없이 특례를 적용받는다고 해석하는 것이 입법 취지에 부합한다고 판단했습니다. (조심 2025서4130)

한 가지 확인해 둘 것이 있습니다. 이 부칙의 문언이 가리키는 중과 규정은 부칙이 만들어질 당시의 조문인 소득세법 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지입니다. 조정대상지역 다주택자에게 2018년 4월 1일부터 적용된 중과는 같은 조 제7항이라는 별개의 조문입니다. 그래서 새 조문에 따른 중과에도 이 부칙이 우선하는지가 다투어졌는데, 조세심판원은 특례취득기간에 취득한 주택의 양도에는 제104조 제7항이 아니라 이 부칙이 우선 적용된다고 반복해서 판단했습니다. 기획재정부도 2023년 12월, 다주택자가 이 기간에 취득한 주택을 2018년 4월 1일 이후 조정대상지역에서 양도한 경우 부칙 제14조 제1항에 따라 기본세율을 적용한다고 회신했습니다.