1세대1주택 비과세 놓쳤다면 경정청구 되나요?

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

「어머니 집으로 주소를 옮긴 상태에서 제 아파트를 팔아 2주택으로 양도세를 냈습니다. 살림은 따로 해 왔는데 비과세로 바로잡을 수 있나요?」

기한 안에 신고했거나 기한후신고를 한 사람은 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 1세대1주택 비과세를 다시 판정받을 수 있습니다. 판정 기준은 신고 때와 같고, 세대와 거주 사실을 증빙으로 인정받아야 환급됩니다.

아래에서

① 비과세 요건
② 1세대와 거주요건의 판단 기준·시점
③ 경정청구 자격·기한·증빙
④ 비과세를 인정한 결정
⑤ 인정하지 않은 결정

순서로 봅니다.

1세대1주택 비과세 요건은 무엇인가요?

양도일 현재 국내에 1주택을 가진 1세대가 2년 이상 보유한 주택을 양도하면 비과세입니다. 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택은 보유기간 중 2년 이상 거주해야 합니다.

소득세법 시행령 제154조2026. 10. 1. 시행

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 …) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 …) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 …) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. …

(이하 생략)

경정청구를 하면 세무서는 이 요건을 신고 때와 같은 기준으로 다시 봅니다. 다만 1년 이상 거주한 주택을 근무상 형편 같은 부득이한 사유로 양도한 경우처럼 보유·거주기간의 제한을 받지 않는 예외가 있습니다.

양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘는 고가주택은 초과분 양도차익에 과세합니다.

비과세 대상과 보유·거주 면제: 소득세법 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제154조 제1항 단서

1세대1주택은 무엇으로, 언제 기준으로 판단하나요?

1세대는 주민등록이 아니라 생계를 같이 하는지로, 주택 수는 양도일 현재로, 거주요건은 취득 당시 조정대상지역이었는지로 판단합니다.

소득세법 제88조 제6호2026. 7. 1. 시행

6. "1세대"란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 …)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 …]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다. …

생계를 같이 한다는 것은 일상생활에서 동일한 생활자금으로 생활한다는 뜻입니다. 부모 집에 주민등록이 있어도 생계를 달리했다면 별도 세대로 인정받을 수 있습니다. 다만 배우자가 없는 사람은 30세 이상이거나, 배우자와 사별·이혼했거나, 일정 소득으로 독립된 생계를 유지할 수 있어야 1세대가 됩니다.

취득 뒤 조정대상지역 지정이 해제됐어도 거주 2년이 필요하고, 취득 때 지정 전이었다면 나중에 지정됐어도 거주요건이 없습니다. 양도일의 지정 현황만 보고 과세로 신고했다면 취득일의 지정 여부부터 확인합니다.

2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택은 거주요건이 없습니다. 그날까지 또는 조정대상지역 공고일 이전에 계약하고 계약금을 지급한 주택도 계약금 지급일 현재 무주택 세대였다면 거주요건이 없습니다. 보유기간은 취득일부터 양도일까지, 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지입니다.

1세대 범위와 판단 시점: 소득세법 시행령 제152조의3, 제154조 제1항·제5항·제6항 / 거주요건 경과·계약 예외: 대통령령 제28293호 부칙 제2조, 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호

경정청구로 비과세를 받으려면 무엇이 필요한가요?

신고서를 낸 사람이 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 청구하고, 양도일 현재 비과세 요건을 갖춘 사실을 증빙으로 보여야 합니다.

법정신고기한까지 신고(수정신고 포함)했거나 기한후신고를 한 사람
양도한 해의 다음 해 확정신고기한(5월 31일, 휴일이면 다음 날)이 지난 후 5년 안
쟁점별 증빙: 세대는 소득 자료·생활비 이체·카드 내역·주거 구조, 거주는 등본의 전입일·전출일과 취득일의 지정 여부, 계약 예외는 매매계약서·계약금 지급 증빙·지급일 현재 무주택 자료

신고하지 않은 사람은 세무서가 결정해 통지하기 전까지 기한후신고서를 내야 청구 자격을 갖춥니다. 예정신고만 했어도 양도세 경정청구 기한 5년은 확정신고기한부터 계산한다는 것이 국세청 해석입니다. 예를 들어 2021년 양도분은 2027년 5월 31일이 마지막 날이고, 2020년 양도분은 이미 지났습니다.

상생임대주택 요건을 갖춘 주택은 거주기간의 제한을 받지 않고, 특례적용신고서를 기한까지 못 냈어도 요건 충족이 확인되면 특례를 적용받을 수 있다고 국세청은 회신했습니다. 2026년 10월 1일 시행된 시행령은 양도 기한을 상생임대차계약의 임대기간이 끝난 날부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날로 정했습니다. 임대기간이 2026년 12월 31일 이전에 끝났으면 양도 기한은 2027년 12월 31일입니다. 정부는 2026년 10월 1일 이후 양도분부터 적용한다고 밝혔습니다. 그래서 2026년 9월 30일까지 양도한 주택은 양도 기한이 없던 종전 조문으로 판단합니다.

양도소득분 지방소득세는 지방자치단체의 장에게 따로 경정청구합니다.

청구 대상자와 기간: 국세기본법 제45조의2 제1항, 제45조의3 제1항, 징세46101-134, 징세46101-714 / 상생임대: 소득세법 시행령 제155조의3 제1항·제5항, 기준-2025-법규재산-0020 / 지방소득세: 지방세법 제96조 제1항, 제103조의9 제1항

과세로 신고했어도 비과세를 인정한 경우는?

30세 넘은 미혼 청구인이 2022년 어머니 아파트로 전입하고 일주일 뒤 자기 아파트를 양도해 3주택 중과세율로 신고했고, 독립세대라며 낸 비과세 경정청구는 거부됐습니다. 심판원은 청구인의 근로소득과 어머니의 임대소득이 따로 있었고 이사 뒤 생활비·관리비 명목으로 어머니 계좌에 돈을 이체한 점, 매수인 이사 편의로 전입해 양도까지 7일에 불과해 사회통념상 일시적인 특별한 사정이 있는 점을 들어 거부처분을 취소했습니다(조심 2023서3214).
직업이 있는 30세 이상 청구인이 사업소득이 있는 어머니의 2층 단독주택에 살며 2022년 자기 아파트를 양도한 뒤 신고·납부했고, 생계를 달리했다며 낸 비과세 경정청구는 같은 세대라는 이유로 거부됐습니다. 심판원은 식비·의료비 지출이 카드·계좌상 사람별로 나뉘었고 1층을 거치지 않는 2층 외부 계단이 있는 점을 들었습니다. 공통 주거비를 나누지 않았어도 매월 소액이라 그것만으로 같은 세대로 단정하기 어렵다며 거부처분을 취소했습니다(조심 2023부6868).

경정청구해도 비과세를 인정하지 않은 경우는?

일시적 2주택 비과세 신고를 과세로 수정신고한 사람이, 오피스텔을 상속받은 딸과 생계를 달리했다며 2023년 경정청구했습니다. 심판원은 딸에게 소득이 있었지만 과거부터 대부분 계속 함께 살았고 관리비 같은 주거 비용을 따로 낸 객관적 증빙이 없다며 기각했습니다(조심 2023부9230).
2019년 취득한 조정대상지역 주택을 2년 이상 거주하지 않고 2022년에 양도한 사람이, 2016년 분양계약을 했으니 거주요건 예외라며 경정청구했습니다. 심판원은 계약금을 지급할 때 배우자에게 주택이 있었으므로 그 뒤 이혼해 무주택이 됐어도 계약금 지급일 현재 무주택 세대가 아니라며 기각했습니다(조심 2023구8262).

정리하며

신고(수정신고·기한후신고 포함)한 사람은 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구 가능
판정 기준은 신고 때와 같고, 양도일 현재 1세대1주택, 보유 2년, 취득 당시 조정대상지역이면 거주 2년
세대는 소득·지출·주거 자료로 판단하고, 증빙이 없어 기각된 결정도 있음
12억원 초과분은 과세라 낸 세금 전액 환급은 아님

요건을 증빙으로 보일 수 있는지 판단이 어렵다면 양도세 상담 안내를 보고 상담 신청을 남겨 주세요.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

12억원 넘는 집도 낸 세금을 전부 돌려받나요?

아닙니다. 12억원을 넘는 고가주택은 양도차익에 「(양도가액 - 12억원) / 양도가액」을 곱한 금액에 과세하므로, 낸 세액과 이 기준으로 다시 계산한 세액의 차이만 돌려받습니다(소득세법 제89조 제1항 제3호, 제95조 제3항, 같은 법 시행령 제160조 제1항).

과세로 수정신고한 뒤에도 비과세 경정청구가 되나요?

됩니다. 수정신고한 세액도 경정청구 대상입니다. 결론은 비과세 요건을 갖췄는지로 정해지고, 수정신고 뒤 낸 청구가 세대 요건을 인정받지 못해 기각된 결정도 있습니다(국세기본법 제45조의2 제1항, 조심 2023부9230).

경정청구가 거부되면 끝인가요?

아닙니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 합니다. 거부되거나 2개월 안에 통지가 없으면 이의신청·심사청구·심판청구로 다툴 수 있습니다(국세기본법 제45조의2 제3항).