종부세 특례 신청, 9월 놓쳤다면 12월에 되나요?

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

상속받은 주택 지분 때문에 두 채가 됐는데, 9월 신청기간을 10월에야 알았습니다. 이대로면 연말 종부세가 두 채 기준으로 고지될까 걱정입니다.

법정 신청기간인 9월 16일부터 30일까지를 놓쳤어도, 국세청은 2024년과 2025년 11월 안내에서 12월 1일부터 15일까지 종부세 신고기간에 특례를 추가로 신청(신고)할 수 있다고 했습니다. 이때는 신청서와 신고서를 함께 내고 신고한 세액을 12월 15일까지 납부해야 고지세액이 취소됩니다.

아래에서

① 신청 대상 세 유형과 요건
② 법이 정한 신청기간과 12월 신고기간
③ 12월에 낼 서류와 납부 순서
④ 신청하지 않으면 달라지는 세액
⑤ 12월 15일이 지난 뒤의 절차

순서로 봅니다.

종부세 1세대 1주택 특례는 누가 신청하나요?

주택이 두 채여도 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택에 해당해 신청하면 1세대 1주택자로 봅니다.

2026년분 일시적 2주택은 모두 3년 기준입니다. 2026년 10월 1일 시행된 시행령은 새 주택 취득일 현재 종전 주택과 새 주택이 모두 조정대상지역에 있으면 이 기간을 2년으로 정했고, 2026년 8월 4일 이후 취득분부터 적용합니다. 2026년분 판정일인 2026년 6월 1일(과세기준일)에는 8월 4일 이후 취득한 주택이 없으므로 이 일시적 2주택 2년 기준은 2027년분부터입니다. 다만 2026년 8월 3일 이전, 또는 새 주택이 있는 조정대상지역의 공고일 이전에 새 주택을 취득했거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류로 확인되면 3년입니다.

특례는 소득세법상 거주자이고 세대원 가운데 한 사람만 주택을 소유한 세대에 적용합니다. 1주택과 상속주택을 세대원 두 사람이 각각 소유하면 상속주택 특례를 받을 수 없다고 국세청은 안내합니다.

1주택과 다른 주택의 부속토지를 함께 소유한 경우는 신청하지 않아도 1세대 1주택자로 봅니다. 부부가 한 채를 공동명의로 소유한 경우는 부부 공동명의 종부세 특례로 따로 신청합니다. 인구감소지역 주택과 수도권 밖 준공후미분양주택은 조세특례제한법이 요건을 따로 정한 특례이고, 신청기간이 9월 신청기간과 같습니다.

같은 9월의 임대주택 합산배제 신고와 세율 적용 주택 수 제외는 효과가 다른 별개 절차입니다.

세 유형과 일시적 2주택 기간: 종합부동산세법 제8조 제4항·제5항, 같은 법 시행령 제2조의3 제1항·제4조의2 제1항·제2항·제3항, 같은 법 시행규칙 제4조의6, 대통령령 제36739호 부칙 제2조, 조세특례제한법 제71조의2·제98조의9

특례 신청은 언제까지 해야 하나요?

법이 정한 신청기간은 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지입니다. 9월에는 홈택스나 서면으로 관할 세무서에 신청서를 냅니다.

종합부동산세법 제8조2026. 1. 1. 시행

⑤ 제4항제2호부터 제4호까지의 규정을 적용받으려는 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

국세청은 2024년과 2025년 11월 납부 안내에서 「합산배제·특례」를 기간 안에 신고(신청)하지 못했으면 12월 종부세 신고기간에 추가로 할 수 있다고 안내했습니다. 이 안내대로라면 2026년분은 2026년 12월 1일(화)부터 15일(화)까지 신청합니다.

신청서: 종합부동산세법 시행령 제4조의2 제4항

12월 신고기간에는 어떻게 신청하나요?

12월에는 고지서와 관계없이 특례를 반영한 종부세 신고서를 내고, 신고한 세액을 12월 15일까지 납부합니다. 법은 고지서를 납부기간(12월 1일부터 15일까지) 시작 5일 전까지 발급하도록 정하고, 국세청은 2026년분 고지서를 11월 22일경 발송할 예정이라고 안내했습니다. 신고하면 세무서가 고지한 결정은 없었던 것으로 보아 고지세액이 취소됩니다.

1. 종합부동산세 신고서에 1세대 1주택자 공제금액 12억원으로 과세표준을 계산합니다.
2. 신고서와 함께 내는 주택분 과세대상 물건명세서의 ④란 「주택 수 제외 특례 신청」에서 「1세대1주택자 판단 시」를 선택합니다.
3. 9월 신청서와 같은 「1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외(변경)신청서」를 신고서에 붙입니다.
4. 신고한 세액을 12월 15일까지 납부합니다.

요건이 맞지 않는데 특례를 반영해 신고하면 과소신고가산세 10%(부정행위는 40%)와 납부지연가산세(하루 22/100,000)를 냅니다. 12월에 신고하지 않고 고지서대로 내면 무신고가산세는 없습니다.

신고와 고지 취소: 종합부동산세법 제16조 제2항·제3항·제4항, 같은 법 시행령 제8조, 같은 법 시행규칙 제5조, 국세기본법 제47조의2 제1항·제47조의3 제1항·제47조의4 제1항

신청하지 않으면 세금은 얼마나 달라지나요?

주택 공시가격 합산액이 12억원 이상이면 신청하지 않을 때 과세표준이 1억 8,000만원 커집니다. 신청하면 12억원, 신청하지 않으면 9억원을 공제하므로 (12억원 − 9억원) × 공정시장가액비율 60% = 1억 8,000만원입니다. 합산액이 9억원 초과 12억원 미만이면 차이는 (합산액 − 9억원) × 60%이고, 9억원 이하면 차이가 없습니다. 만 60세 이상 고령자 세액공제와 5년 이상 장기보유 세액공제도 1세대 1주택자만 받습니다.

예를 들어 만 70세 이상인 사람이 15년 이상 보유한 1주택(공시가격 14억원)과 요건을 갖춘 상속주택 지분(공시가격 2억원)을 소유했다고 가정합니다. 특례를 받아도 상속주택 공시가격은 과세표준에 합산되므로 두 경우 모두 합산액은 16억원입니다. 아래 표의 세액은 2주택 이하 세율을 적용하고 재산세 공제·세부담 상한·농어촌특별세를 반영하기 전 금액입니다.

신청하면 상속주택 부분을 제외한 산출세액에 공제율 80%를 적용해 120만원 × 14/16 × 80% = 84만원을 공제합니다. 연령 40%와 보유 50%를 합하면 90%지만 한도가 80%입니다.

일시적 2주택은 특례를 받은 뒤 요건을 충족하지 못하게 되면 경감받은 세액에 이자상당가산액을 더해 추징합니다.

2027년분부터 적용하려는 종부세법 개정안의 공제와 세율은 국회에 계류 중이라 법이 아니고, 2026년분은 위 기준입니다.

공제와 세액공제: 종합부동산세법 제8조 제1항·제9조 제1항·제5항·제6항·제7항·제8항·제9항, 같은 법 시행령 제2조의4 제1항 / 추징: 종합부동산세법 제17조 제5항 제2호, 같은 법 시행령 제10조 제5항·제6항

12월 15일도 지났다면 어떻게 하나요?

12월 15일이 지난 뒤 신고서를 내면 세무서는 기한후신고 대상이 아니라고 알리고 경정청구나 불복청구 절차를 안내합니다. 불복청구는 청구 기한이 지나지 않은 경우에만 안내합니다.

2027년분은 2027년 9월 16일부터 30일까지 신청하면 정기고지에 특례가 반영됩니다.

기한 뒤 신고서 처리: 종합부동산세 사무처리규정 제32조

정리하며

확인할 것은 다음입니다.

1. 세 유형 가운데 어느 것이고 6월 1일 현재 요건을 갖췄는지
2. 9월에 신청하지 못했다면 2026년 12월 1일부터 15일까지 신고서와 신청서를 내고 세액을 납부할 수 있는지

요건 판정이나 12월 신고가 어렵다면 상담을 남겨 주십시오.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

2025년에 신청했으면 2026년에도 다시 해야 하나요?

신청 사항에 변동이 없으면 다시 신청하지 않아도 됩니다. 신청 사항이 달라졌다면 그해 9월 16일부터 30일까지 다시 신청합니다. (종합부동산세법 시행령 제4조의2 제5항)

상속받은 지 5년이 지났으면 대상이 아닌가요?

5년이 지난 것만으로 대상에서 제외되지 않습니다. 상속주택은 상속개시일부터 5년 이내, 지분 40% 이하, 지분 상당 공시가격 6억원(수도권 밖 3억원) 이하 가운데 하나를 충족하면 됩니다. (종합부동산세법 시행령 제4조의2 제2항)

일시적 2주택은 새 집을 언제 사야 하나요?

종부세 일시적 2주택 특례에는 새 주택 취득 시기에 제한이 없다고 국세청은 안내합니다. 양도세는 종전 주택 취득일부터 1년 이상 지난 뒤 새 주택을 취득해야 합니다. (종합부동산세법 시행령 제4조의2 제1항)