감면되면 낸 세금을 전부 돌려받나요?
전부 돌려받는 것은 아닙니다. 감면에는 한도가 있습니다. 자경농지 감면 계열로 감면받을 양도소득세액이 한 과세기간에 1억원을 넘으면 넘는 부분은 감면되지 않습니다. (조세특례제한법 제133조 제1항 제1호) 해당 과세기간과 직전 4개 과세기간의 같은 계열 감면세액을 합쳐 5개 과세기간에 2억원을 넘는 부분도 마찬가지입니다. (같은 항 제2호 나목) 감면율이 100%라도 돌려받는 금액은 이 한도 안에서 정해지므로, 양도차익이 큰 농지일수록 전액 환급을 전제로 계산하면 안 됩니다.
2024년 1월 1일 이후 양도분에는 한도 계산 특칙이 하나 더 적용됩니다. 양도하기 전 1년 안에 분할한 토지의 일부를 양도하거나 토지의 지분을 양도한 뒤, 그 양도일부터 2년 이내에 나머지 토지나 지분의 전부 또는 일부를 같은 사람이나 그 배우자에게 양도하면, 한 과세기간에 모두 양도한 것으로 보아 한도를 적용합니다. (조세특례제한법 제133조 제3항, 법률 제19936호 부칙 제34조) 이 특칙은 2024년 1월 1일 이후 토지의 일부나 지분을 양도하는 경우부터 적용되므로, 2021년부터 2023년 사이 양도분의 한도 계산에는 들어가지 않습니다.
농어촌특별세 부담은 따로 생기지 않습니다. 조세특례제한법에 따라 감면받은 세액을 과세표준으로 농어촌특별세가 부과되는 것이 원칙이지만, 자경농지 감면을 포함한 농어업인 관련 감면은 비과세로 열거돼 있습니다. (농어촌특별세법 제4조 제2호, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제1항 제1호) 감면이 인정되면 농어촌특별세를 새로 낼 것 없이 그만큼의 양도소득세가 환급 대상이 됩니다. 다만 조세특례제한법의 모든 감면이 이렇게 비과세되는 것은 아니므로, 다른 감면에까지 넓혀 읽으면 안 됩니다.
한도를 넘어 그대로 부담하는 양도소득세가 남는다면 세액 계산에 반영할 필요경비 증빙도 함께 볼 필요가 있습니다. 증빙을 갖추는 방법은 양도세 필요경비 증빙에서 다뤘습니다.
경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
법정신고기한이 지난 후 5년 이내입니다. (국세기본법 제45조의2 제1항) 기준은 양도일이 아닙니다. 양도소득세의 법정신고기한은 양도한 해의 다음 해 5월 31일까지인 확정신고 기한이고, 잔금을 치르고 두 달 안에 예정신고만 마친 경우에도 5년은 확정신고기한부터 센다는 것이 국세청의 해석입니다. (소득세법 제105조 제1항, 제110조 제1항) 그래서 2021년에 양도한 농지는 2027년 5월 31일까지 청구할 수 있습니다. 2027년 5월 31일은 월요일이어서 기한이 다음 날로 밀리지도 않습니다. (국세기본법 제5조 제1항) 말일 하루를 다투지 말고 늦어도 그 전에 청구하시기 바랍니다. 연도별 기한 역산과 기산 원칙의 상세는 양도세 환급 경정청구에서 표로 정리했습니다.
이 청구는 신고서를 낸 사람의 절차입니다. 법정신고기한까지 신고했거나 기한후신고를 한 사람이 청구할 수 있고, 신고 없이 세무서의 결정을 받은 경우는 이 5년 청구의 대상이 아닙니다. (국세기본법 제45조의2 제1항) 판결 등으로 세액 계산의 근거가 달라졌을 때 하는 후발적 경정청구는 별개 제도라서, 결정을 받은 사람도 청구할 수 있고 기한은 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월입니다. (같은 조 제2항) 실제로 주거지역 편입일을 다투는 판결로 8년 자경 요건을 갖추게 됐다면 이미 결정된 양도소득세도 경정청구로 돌려받을 수 있다는 국세청 해석이 2001년에 나와 있습니다. (국세청 징세46101-171) 해석문에 적힌 청구기간은 당시 조문의 것이고, 현행 기한은 3개월입니다. 홈택스 신청 방법과 후발적 사유의 상세, 환급가산금 계산은 경정청구 5년 기한과 절차에서 다뤘습니다.
신고할 때 감면을 신청하지 않았다는 사정 때문에 시작 전에 포기할 일도 아닙니다. 감면을 받으려는 사람은 세액감면신청서를 과세표준신고(예정신고 포함)와 함께 제출하는 것이 원칙입니다. (조세특례제한법 제69조 제3항, 조세특례제한법 시행령 제66조 제9항) 그런데 당초 신고에서 감면을 적용하지 않았던 납세자의 경정청구를 조세심판원이 본안으로 판단해 받아들인 결정이 있습니다. (조심 2025전1333) 감면과 비과세를 모르고 예정신고와 자진납부를 마친 세액을 경정청구로 환급받을 수 있다는 국세청 해석도 2006년에 나왔습니다. 자경농지 감면이 아니라 농지 대토 사안이었고, 해석문에 인용된 당시 청구기간은 지금과 다르며 현행 기한은 5년입니다. (국세청 서면인터넷방문상담4팀-414) 다만 신청 절차를 거치지 않은 효과가 어디까지인지를 확정한 대법원 판례는 확인하지 못했으므로, 개별 사안에서는 이 부분까지 함께 검토하는 것이 안전합니다.
정리하며
상속받은 농지의 양도소득세는 세 가지를 차례로 확인하면 정리됩니다. 피상속인이 소재지에 거주하며 8년 이상 직접 경작한 농지인지, 상속인이 1년 이상 계속 경작했거나 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도해 그 기간이 통산되는지, 그리고 법정신고기한이 지난 후 5년이 넘지 않았는지입니다. 이 세 가지 외에 앞서 본 나머지 필수요건도 함께 충족해야 합니다. 양도일 현재 거주자 요건, 도시지역 편입 제한, 원칙적으로 양도일 현재 농지여야 한다는 기준과 그 예외, 그리고 농사 밖 소득이 3,700만원 이상인 과세기간을 뺀 뒤에도 8년이 채워지는지입니다. 전부 충족해야 이미 낸 세금을 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 환급액은 과세기간당 1억원의 감면 한도 안에서 정해집니다. 다만 경작 사실은 증빙으로 판정되므로 자료 준비가 관건입니다.
이 글을 검색해서 보셨다면 이미 양도를 마친 농지가 떠오르실 것입니다. 양도한 연도, 피상속인의 경작 이력, 본인의 거주와 경작 기록, 상속받은 날부터 양도일까지의 기간을 순서대로 확인해 보시기 바랍니다. 판단이 서지 않는 부분이 있다면 그때의 신고서와 등기부, 주민등록 기록을 가지고 상담을 받아 보시는 것이 안전합니다. 기한이 지난 뒤에는 되돌릴 방법이 마땅치 않습니다.
담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.
자주 묻는 질문
양도한 지 5년이 넘었는데 경정청구를 할 수 있나요?
양도일 기준으로 세지 않으므로 기한이 남아 있을 수 있습니다. 경정청구 기한 5년은 법정신고기한, 곧 양도한 해의 다음 해 5월 31일부터 셉니다. (국세기본법 제45조의2 제1항, 소득세법 제110조 제1항) 2021년 상반기에 양도해 양도일부터는 5년이 넘었더라도, 청구 기한은 2027년 5월 31일까지 남아 있습니다.
상속받은 뒤 농사를 짓지 않았고 3년도 지났으면 감면을 받지 못하나요?
원칙적으로 피상속인의 경작기간이 통산되지 않습니다. (조세특례제한법 시행령 제66조 제11항, 제12항) 다만 협의매수나 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 택지개발지구·산업단지 등으로 지정됐다면, 상속 전에 지정된 경우를 포함해 통산이 유지됩니다. 3년이 지났는지는 상속받은 날부터 세므로, 날짜 계산과 본인의 실제 경작 이력부터 확인해 보시기 바랍니다.
자경농지 감면이 폐지된다던데 지금 청구해도 되나요?
청구할 수 있습니다. 8년 자경 감면 조문은 시행 중이고 조문 자체에 적용기한이 없습니다. (조세특례제한법 제69조 제1항) 조문에 있는 2026년 12월 31일이라는 날짜는 한국농어촌공사나 농업법인에 양도할 때 경작기간 요건을 3년으로 줄여 주는 특례에만 붙은 기한입니다. 2026년 세제개편안의 정부안도 그 특례 기한을 1년 연장하는 내용이고 8년 자경 감면 제도 자체를 바꾸는 항목은 확인되지 않았으며, 정부안은 국회 심의에서 변동될 수 있습니다.
양도소득세가 환급되면 지방소득세도 같이 돌려받나요?
별도 세목이라 따로 확인해야 합니다. 개인지방소득세는 양도소득세와 별개 세목이고, 지방세에도 자체 경정청구 제도가 있습니다. (지방세기본법 제50조) 국세가 환급된다고 지방소득세까지 자동으로 함께 환급된다고 단정할 수는 없으므로, 양도소득세 경정청구를 진행할 때 지방소득세 부분도 함께 확인하시기 바랍니다.
