장기보유특별공제 덜 받았다면 경정청구 되나요?

Q: 해외 근무로 집을 비운 기간도 거주기간에 포함되나요?

세대 전원이 함께 출국했다면 주민등록을 그 집에 두었어도 포함하지 않습니다((사전-2022-법규재산-0449)).

Q: 비거주자가 판 집도 표 2로 다시 계산하나요?

비거주자로 집을 팔았다면 표 2를 적용하지 않습니다((소득세법 제121조 제2항)).

Q: 장기보유특별공제 개정안이 통과되면 이미 판 집도 달라지나요?

정부가 2026년 9월 3일 국회에 낸 [소득세법 개정안](/blog/long-term-deduction-residence-shift-2028)은 주택 장기보유 특별공제를 장기거주 소득공제로 바꾸는 안으로 국회에 계류 중입니다. 원안대로 공포되더라도 2028년 1월 1일 시행 전에 판 집은 현행 표 1·표 2로 계산합니다((의안 2221042 부칙 제10조 제3항)).

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

「10년 넘게 살던 집 한 채를 2023년에 팔고 공제율 20%로 양도세를 신고했습니다. 1주택이면 80%까지 된다는데 지금이라도 돌려받을 수 있나요?」

양도일 현재 1세대 1주택이고 보유기간 중 2년 이상 거주했는데 표 1(일반 공제율, 최대 30%)로 신고했거나 거주기간을 짧게 계산했다면, 표 2(1세대 1주택 공제율, 최대 80%)로 다시 계산해 장기보유특별공제 경정청구로 차액을 돌려받습니다. 다만 상속 전에 부모와 함께 산 기간처럼 공제율을 정할 때 이어서 계산하지 않는 기간은 경정청구로도 인정받지 못합니다.

장기보유특별공제 요건은 무엇인가요?

3년 이상 보유한 토지·건물은 표 1로, 1세대 1주택은 표 2의 보유기간별·거주기간별 공제율을 합해 공제합니다.

소득세법 제95조2026. 7. 1. 시행

② … 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

두 표에서 세 구간만 옮겼습니다. 「기간」은 보유 열에서는 보유기간, 거주 열에서는 거주기간입니다.

양도일 현재 실제로 1주택인 고가주택을 표 1로 신고
다른 주택이 있지만 일시적 2주택처럼 1세대 1주택으로 보는 고가주택을 표 1로 신고(일시적 2주택 양도세 경정청구)
상생임대주택 특례로 거주 2년 요건 없이 표 2 대상인 고가주택을 표 1로 신고. 거주하지 않았으면 표 2 보유기간별 공제율(최대 40%)만 적용
세대원 일부가 따로 산 기간을 거주기간에서 제외해 거주 공제율을 낮게 적용

예를 들어 10년 보유·거주한 1세대 1주택을 2025년에 18억원에 팔아 양도차익이 6억원이고, 같은 해 다른 양도는 없다고 가정합니다. 과세되는 양도차익은 6억원 × (18억원 - 12억원) ÷ 18억원 = 2억원입니다. 장기보유특별공제액도 같은 비율로 계산하므로 이 2억원에 공제율을 곱합니다.

항목	표 1로 신고	표 2로 다시 계산
과세되는 양도차익	2억원	2억원
공제율	20%	80%
장기보유특별공제액	4,000만원	1억6,000만원
기본공제	250만원	250만원
과세표준	1억5,750만원	3,750만원
산출세액	3,991만원	436만5,000원

이 가정에서는 산출세액 차이 3,554만5,000원을 돌려받습니다. 세율은 2025년 양도분 기준입니다.

청구 대상자와 사유: 국세기본법 제45조의2 제1항, 제45조의3 제1항 / 고가주택과 세율: 소득세법 제55조 제1항, 제95조 제3항, 제103조 제1항, 같은 법 시행령 제160조 제1항 제2호

장기보유특별공제 경정청구를 인정한 경우는?

상속받은 고가주택을 2021년에 판 사람이 표 1 공제율 8%로 신고한 뒤 표 2의 24%로 경정청구했습니다. 청구인은 어머니와 그 집에 살았지만 배우자는 1년여 함께 살다 가정불화로 따로 나갔고, 세무서는 배우자의 거주가 2년이 안 된다며 거부했습니다. 심판원은 배우자는 따로 살아도 배우자라는 사실만으로 1세대를 이루고, 별거를 이유로 거주요건을 채우지 못했다고 보면 사생활에 지나치게 간섭하게 된다며 거부를 취소했습니다(조심 2022중7269).
한 배우자만 그 집에 살고 다른 배우자와 자녀는 가정불화로 같은 구의 다른 집에서 6년여 지낸 부부가, 2023년에 판 집을 거주 8%로 신고했다가 그 기간을 포함해 36%로 경정청구했습니다. 세무서는 세대원 3명 중 2명이 살지 않았고 다른 시·군으로 주거를 옮긴 것도 아니라며 거부했습니다. 심판원은 문자 내역 등으로 가정불화가 드러났고 부부가 오래 1주택만 갖고 실거주했다고 보았습니다. 비과세 거주요건의 「다른 시·군으로 주거 이전」을 장기보유특별공제 거주기간에까지 요구하는 것은 불합리하다며 그 기간을 일시 퇴거로 보아 거부를 취소했습니다(조심 2024서2733).

장기보유특별공제 경정청구를 인정하지 않은 경우는?

부모와 같은 세대로 15년여 함께 산 집을 2019년에 지분으로 상속받아 2021년에 판 사람이 상속 전 기간을 포함해 표 2 80%로 신고했습니다. 세무서 안내로 공제를 적용하지 않고 수정신고·납부한 뒤 처음의 80%를 다시 적용해 그 차액을 돌려 달라고 경정청구했습니다. 심판원은 공제율을 정하는 보유·거주기간은 상속인마다 상속개시일부터 계산한다며 기각했습니다(조심 2023서7210).
집을 2024년에 팔며 표 2 48%(보유 40%, 거주 8%)로 신고한 사람이, 지방 지원사업으로 주민등록을 옮겨 둔 약 1년도 그 집에 살았다며 거주 12%로 경정청구했습니다. 심판원은 입증책임이 청구인에게 있는데 건강보험·통장·차량유지비 기록은 간접 정황에 그치고 그 기간에 지방 세무서에 직접 민원을 낸 내역이 있다며 기각했습니다(조심 2026소2430).

정리하며

표 2는 양도일 현재 1세대 1주택이고 보유 3년 이상, 보유기간 중 거주 2년 이상(상생임대주택은 거주 요건 면제)일 때 적용
2021년 이후 양도분은 현행 표 2로 다시 계산해 경정청구
세대원 일부의 일시 퇴거 기간은 거주기간에 포함, 세대 전원이 이사한 기간은 제외

표 2 대상이나 거주기간 판단이 어렵다면 상담 신청을 남겨 주세요.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

해외 근무로 집을 비운 기간도 거주기간에 포함되나요?

세대 전원이 함께 출국했다면 주민등록을 그 집에 두었어도 포함하지 않습니다(사전-2022-법규재산-0449).

비거주자가 판 집도 표 2로 다시 계산하나요?

비거주자로 집을 팔았다면 표 2를 적용하지 않습니다(소득세법 제121조 제2항).

장기보유특별공제 개정안이 통과되면 이미 판 집도 달라지나요?

정부가 2026년 9월 3일 국회에 낸 소득세법 개정안은 주택 장기보유 특별공제를 장기거주 소득공제로 바꾸는 안으로 국회에 계류 중입니다. 원안대로 공포되더라도 2028년 1월 1일 시행 전에 판 집은 현행 표 1·표 2로 계산합니다(의안 2221042 부칙 제10조 제3항).