전자세금계산서를 제때 발급했더라도 발급명세는 발급일의 다음 날까지 국세청에 전송해야 합니다. 다음 날을 넘겼지만 확정신고기한까지 전송하면 0.3%, 그때까지 전송하지 않으면 0.5%입니다. 다만 같은 거래에 지연발급 1%나 미발급 2%가 적용되면 전송 가산세를 함께 적용하지 않습니다. (부가가치세법 제60조 제2항 본문)
간이과세자는 세금계산서 발급의무가 있는 구간과 영수증 발급 업종 예외를 먼저 봐야 합니다. 자세한 범위는 간이과세자 세금계산서 발급 기준에서 확인하실 수 있습니다.
거래처가 늦게 받은 세금계산서도 매입세액공제가 되나요?
공급시기 뒤에 받았더라도 그 과세기간의 확정신고기한까지 발급받았다면 매입세액공제를 받을 수 있습니다. (부가가치세법 시행령 제75조 제3호) 이 경우 받는 쪽에는 공급가액의 0.5% 가산세가 붙습니다. (부가가치세법 제60조 제7항, 같은 법 시행령 제108조 제5항)
확정신고기한을 넘겼다면 요건이 더 엄격해집니다. 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이면서 매입자가 실제 공급시기가 속한 과세기간에 대해 과세표준수정신고서와 경정청구서를 해당 세금계산서와 함께 제출하거나 과세관청이 거래사실을 확인해 결정·경정하는 경우여야 합니다. 거래사실이 확인되지 않거나 법정 요건을 갖추지 못하면 매입세액은 공제되지 않습니다. (부가가치세법 시행령 제75조 제7호)
따라서 공급자는 자신의 1%·2%만 계산하면 끝나는 것이 아닙니다. 거래처가 공제를 받을 수 있는지와 매입자 0.5%가 따라오는지까지 함께 알려야 뒤늦은 분쟁을 줄일 수 있습니다.
공급자가 발급을 거부하면 매입자발행세금계산서를 쓸 수 있나요?
세금계산서 발급의무가 있는 공급자가 발급시기에 발급하지 않았다면, 공급받는 사업자가 관할 세무서의 확인을 거쳐 매입자발행세금계산서를 발행하는 방법이 있습니다. 이 제도는 처음 세금계산서를 받지 못한 경우뿐 아니라 수정세금계산서를 받기 어려운 경우에도 법정 요건 아래 이용할 수 있습니다. 공급자의 부도·폐업과 공급계약의 해제·변경, 소재불명·연락두절 또는 휴업 등 부득이한 사유가 포함됩니다. (부가가치세법 제34조의2, 같은 법 시행령 제71조의2)
신청기한은 공급시기가 속한 과세기간 종료일부터 1년 이내이고, 거래건당 공급대가 5만원 이상이어야 합니다. 계약서, 이체내역, 거래명세서처럼 거래사실을 객관적으로 보여 주는 자료를 신청인 관할 세무서에 내야 하며 입증책임은 신청인에게 있습니다.
임대인이 세금계산서를 주지 않는 경우의 준비자료와 신청 흐름은 임대료 세금계산서 미수취 대응에서 더 구체적으로 정리했습니다. 매입자발행세금계산서는 공급자가 발급하지 않았다는 사실만으로 자동 생성되는 서류가 아니므로 1년 기한과 입증자료를 함께 준비하셔야 합니다.
사업자가 지금 확인할 순서는 무엇인가요?
먼저 공급일과 거래 유형을 확인하고 다음 달 10일 특례가 맞는지부터 나눕니다. 그 뒤 실제 발급일과 확정신고기한을 비교하면 공급자 1%·2% 구간이 정해집니다.
발급 후에는 전송일, 이미 끝난 부가가치세 신고, 거래처의 수취일을 함께 확인합니다. 받는 쪽의 0.5%와 매입세액공제 요건은 공급자 가산세와 별도이기 때문입니다. 공급자가 끝내 발급하지 않는다면 매입자발행세금계산서의 과세기간 종료일부터 1년도 놓치지 않아야 합니다.
한 달 안에 발급하면 가산세가 자동으로 절반 줄어든다는 말도 그대로 적용하지 마십시오. 50% 감면 대상에는 제출·신고·가입·등록·개설이 열거돼 있지만 세금계산서 발급은 들어 있지 않습니다. (국세기본법 제48조 제2항 제3호 나목) 자동 50% 감면을 전제로 계산할 수 없습니다. 정당한 사유가 있다면 개별 검토가 필요합니다. (같은 법 제48조 제1항 제2호)
정리하며
세금계산서 지연발급 가산세는 법정 발급시기 뒤부터 확정신고기한까지 발급하면 공급가액의 1%, 그때까지 발급하지 않으면 2%입니다. 다음 달 10일은 월합계 등 세 유형에만 적용되고, 처음 늦게 발급하는 거래는 수정세금계산서가 아니라 원래 작성 연월일을 적은 정상 세금계산서로 처리합니다.
이미 발급기한을 놓쳤거나 거래처가 세금계산서를 기다리는 경우가 많습니다. 공급일·공급가액·실제 발급 여부·부가가치세 신고 여부를 한 번에 맞춰 보셔야 공급자 1%·2%, 매입자 0.5%, 매입세액공제 가능성을 함께 판단할 수 있습니다. 거래 시점이나 작성 연월일이 불분명하다면 계약서와 정산자료, 신고서를 갖춰 세무사와 확인하시기 바랍니다.
담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.
자주 묻는 질문
9월 공급분은 예정신고기한까지만 발급하면 1% 구간이 끝나나요?
아닙니다. 1%와 2%를 나누는 기준은 예정신고기한이 아니라 공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한입니다. 일반과세자의 2026년 9월 공급분은 제2기에 속하므로 2027년 1월 25일 월요일까지 발급하면 1%이고, 그때까지 발급하지 않으면 2%입니다. 다만 월합계 특례의 발급기한인 2026년 10월 12일 월요일을 넘기는 순간 1% 지연발급 구간은 이미 시작됩니다.
발급기한 후 1개월 안에 발급하면 가산세가 50% 줄어드나요?
자동으로 줄어든다고 볼 수 없습니다. 1개월 내 50% 감면 대상은 제출·신고·가입·등록·개설이고 세금계산서 발급은 열거돼 있지 않습니다. (국세기본법 제48조 제2항 제3호 나목) 의무를 이행하지 못한 데 정당한 사유가 있었다면 부과 제외를 개별적으로 검토할 수 있지만 감면을 미리 확정해 계산해서는 안 됩니다. (같은 법 제48조 제1항 제2호)
개인사업자는 언제부터 전자세금계산서를 의무로 발급하나요?
직전 연도의 사업장별 재화·용역 공급가액에 면세 공급가액까지 더한 금액이 8천만원 이상이면 다음 해 7월 1일부터입니다. 2025년 금액이 8천만원 이상이었다면 2026년 7월 1일부터 의무가 시작됩니다. 이후 직전 연도 금액이 8천만원 미만으로 내려가도 의무발급 대상은 유지됩니다. 다만 법정 통지를 기한까지 받지 못한 경우의 개시일 예외는 별도로 확인해야 합니다.
전자세금계산서를 제때 발급하면 세액공제를 받을 수 있나요?
직전 연도 사업장별 공급가액 합계액이 3억원 미만인 개인사업자나 해당 연도 신규 개인사업자는 법정 요건을 갖추면 전자세금계산서 발급 건당 200원을 연 100만원 한도로 공제받을 수 있습니다. 2027년 12월 31일까지 발급하고 발급명세를 발급일 다음 날까지 전송한 분이 대상이며, 예정신고나 확정신고 때 전자세금계산서 발급세액공제신고서를 제출해야 합니다.