임대사업자 거주주택 비과세, 말소 후 5년 넘으면?

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

"임대주택이 2021년에 자동말소됐습니다. 살고 있는 집을 팔아도 아직 비과세가 되나요?"

2020년 8월 18일 법 개정으로 없어진 등록 유형인 4년 단기임대나 아파트 8년 장기일반 매입임대의 등록이 말소됐다면, 말소된 날부터 5년 안에 거주주택을 양도해야 임대사업자 거주주택 비과세 특례를 받습니다. 말소는 임대의무기간이 끝나 자동말소됐거나, 임대사업자가 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대한 뒤 자진말소한 경우여야 합니다. 예를 들어 2021년 11월에 말소됐다면 5년은 2026년 11월에 끝나고, 그 뒤에 양도하면 특례를 받지 못합니다. 2026년 10월 1일 시행된 시행령은 말소된 매입임대 아파트의 중과배제에 2027년 12월 31일 양도 기한을 두었지만 거주주택 특례에는 적용하지 않습니다.

아래에서

① 거주주택 비과세 요건과 말소되면 갖출 수 없는 요건
② 5년의 기산일과 양도일
③ 말소 후 특례에 필요한 요건
④ 말소 후에도 특례를 인정한 회신
⑤ 특례를 인정하지 않은 회신과 결정

순서로 봅니다.

임대사업자 거주주택 비과세 요건은 무엇인가요?

장기임대주택과 거주주택을 가진 1세대가 거주주택에 2년 이상 거주했고 거주주택 양도일에 장기임대주택이 요건을 갖췄다면, 거주주택에 1세대1주택 비과세를 적용합니다. 다만 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택은 12억원 초과 비율만큼의 양도차익에 과세합니다.

소득세법 시행령 제155조 제20항2026. 10. 1. 시행

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목에 … "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 …)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. …

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 …)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, … 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. …

(이하 생략)

등록이 말소되면 거주주택 양도일에 장기임대주택을 등록해 임대하고 있어야 하는 제2호 요건을 갖출 수 없습니다. 그래서 말소 후 5년 안에 거주주택을 양도하면 말소된 주택을 장기임대주택으로 보고 특례를 적용합니다.

고가주택: 소득세법 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제160조 제1항

말소 후 5년은 언제 기준으로 판단하나요?

5년은 등록이 말소된 날부터, 장기임대주택을 2호 이상 임대했다면 처음 말소된 주택의 말소일부터 계산합니다.

소득세법 시행령 제155조 제23항2026. 10. 1. 시행

㉓ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정하며, 제167조의3제1항제2호가목2)ㆍ라목8)ㆍ마목4)의 요건은 적용하지 않는다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

말소된 장기임대주택이 하나라도 남아 있다면, 처음 말소된 집을 이미 양도했어도 그 집의 말소일부터 계산합니다. 다만 말소된 장기임대주택은 모두 양도하고 없어지지 않은 등록 유형의 장기임대주택만 남았다면 5년 기한을 적용하지 않습니다. 이때는 남은 장기임대주택이 거주주택 양도일에 제2호 요건을 갖춰야 특례를 받습니다.

5년 안 양도인지는 잔금을 받은 날로 판단하고, 잔금 전 소유권이전등기를 했다면 등기접수일로 판단합니다.

처음 말소된 날·예외: 재산세제과-1308, 재산세제과-1420 / 양도일: 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항

말소 후 거주주택 비과세를 받으려면 무엇이 필요한가요?

2020년 7월 10일까지 임대사업자 등록 신청(그 뒤 법 개정 전까지 신청한 주택은 제외)
임대의무기간 종료에 따른 자동말소, 또는 임대의무기간의 2분의 1 이상(4년 단기 2년, 8년 장기일반 4년) 임대한 뒤 자진말소
처음 말소된 날부터 5년 안에 거주주택 양도(말소 후 새로 취득한 주택은 제외)
거주주택 보유기간 중 2년 이상 거주, 말소 전후 거주기간 통산

2분의 1은 임대사업자 등록일부터, 등록 뒤 임대를 시작한 주택은 임대차계약서상 실제 임대개시일부터 계산합니다.

거주 2년은 상생임대주택 특례 요건을 갖추면 면제됩니다. 이 면제는 말소 후 5년과 별도로 상생임대주택의 양도 기한 안에 양도해야 받습니다.

말소 후에는 임대료 증가율 5% 상한, 사업자등록 유지, 계속 임대 요건을 따지지 않습니다.

2분의 1·말소 후 요건: 서면-2021-부동산-7820, 재산세제과-151 / 상생임대: 소득세법 시행령 제155조의3 제1항

말소 후에도 거주주택 특례를 인정한 경우는?

4년 단기임대주택이 2021년에 자동말소됐고, 임대사업자는 2023년에 임대료를 5% 넘게 올렸습니다. 국세청은 임대료를 올린 때가 말소 후라 증액 상한을 지키지 않았어도 5년 안에 양도하는 거주주택에 특례를 적용한다고 회신했습니다(사전-2025-법규재산-0542).
임대주택이 2020년에 자동말소될 때까지 임대사업자는 거주주택에 거주한 적이 없었고, 말소 후 전입해 2년 이상 거주할 예정이었습니다. 국세청은 거주기간을 말소일 전후로 통산해 2년 이상이면 특례를 적용한다고 회신했습니다(서면-2021-부동산-1450).

말소 후 거주주택 특례를 인정하지 않은 경우는?

4년 단기임대주택이 2022년에 자동말소된 뒤 임대사업자가 새 집을 취득해 2년 이상 거주하고 5년 안에 양도하려 했습니다. 국세청은 말소된 뒤 취득한 주택에는 거주주택 특례를 적용하지 않는다는 재정경제부(당시 기획재정부) 회신을 참고하라고 답했습니다(기준-2022-법무법인-0088, 재산세제과-1308).
8년 장기일반 매입임대로 2020년에 등록한 주택을 임대의무기간의 2분의 1(4년)이 되기 전인 2023년에 자진말소했습니다. 임대사업자는 임차인이 산 2024년까지가 임대기간이라고 주장했지만, 국세청 과세전적부심사는 등록일부터 말소일까지만 임대기간으로 보고 2025년 거주주택 양도의 특례 배제가 맞다고 판단했습니다(적부-국세청-2025-0192).

정리하며

자동말소나 2분의 1 이상 임대 뒤 자진말소면 처음 말소된 날부터 5년 안에 양도한 거주주택에 특례
5년 안 양도는 잔금일(잔금 전 등기면 등기접수일)로 판단, 2027년 중과배제 기한은 적용하지 않음
말소 후 임대료 5% 상한·사업자등록·계속 임대는 따지지 않고, 거주 2년은 말소 전후 통산
말소 후 새로 취득한 집, 2분의 1 전 자진말소, 5년이 지난 양도는 특례 없음

말소일과 거주기간 계산이 어렵다면 매매계약 전에 양도세 상담을 남겨 주세요.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

거주주택 비과세는 평생 한 번만 받을 수 있나요?

2025년 2월 28일 이후 양도분부터는 횟수 제한 없이 받습니다. (소득세법 시행령 제155조 제20항, 대통령령 제35349호 부칙 제14조)

말소 후 5년이 지나 팔면 중과세율이 적용되나요?

거주주택이 양도 당시 조정대상지역 밖에 있으면 적용되지 않습니다. 조정대상지역에 있으면 중과될 수 있어 비과세·중과 판단 순서대로 세대의 주택 수와 중과배제를 따집니다. (소득세법 제104조 제7항, 서면-2024-법규재산-5081)

말소된 임대주택에 들어가 살다 팔아도 비과세되나요?

말소된 집으로 이사해 거주주택으로 바꿔도 다른 장기임대주택이 남아 있고 그 집에 2년 이상 거주했다면 특례를 받습니다. 남은 장기임대주택 가운데 말소된 주택이 있으면 이사한 집과 이미 양도한 주택을 포함한 말소 주택 가운데 처음 말소된 날부터 5년 안에 이사한 집을 양도해야 합니다. 이사한 집을 보유하는 동안 이전 거주주택을 양도했다면 2년 거주는 사업자등록과 임대사업자 등록을 한 날 이후 거주기간으로 따지고, 그 양도일 뒤 기간의 양도차익만 비과세됩니다. (소득세법 시행령 제155조 제20항·제23항, 서면-2024-법규재산-0289, 서면-2023-법규재산-2340, 서면-2025-부동산-3715)