직원이 연중 퇴사하면 연말정산은 언제 어떻게 하나요

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

직원이 연중에 퇴사하면 사장님은 마지막 급여, 원천세, 원천징수영수증과 지급명세서를 한꺼번에 확인하게 됩니다. 검색 결과에는 퇴사 다음다음 달 말일까지 지급명세서를 낸다는 설명도 보이지만 이 기한은 직원 한 사람의 퇴사가 아니라 사업장 자체가 휴업·폐업·해산한 경우에 적용됩니다.

중도퇴사자 연말정산은 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 처리합니다. 2026년에 지급한 근로소득 지급명세서는 2027년 3월 10일 수요일까지 제출하고 중도퇴사자 원천징수영수증은 퇴직한 달 급여의 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 발급합니다. 세 절차의 기준일이 서로 다르므로 마지막 급여를 지급하기 전에 따로 적어 두는 편이 안전합니다.

중도퇴사자 연말정산은 언제 처리하나요?

원천징수의무자는 퇴직자의 퇴직하는 달 근로소득을 지급할 때 연말정산해야 합니다. (소득세법 제137조 제1항) 직원이 8월에 퇴사하고 8월분 급여를 8월에 지급한다면 그 급여를 계산할 때 정산합니다. 다음 해 2월까지 미루는 절차가 아닙니다.

정산 범위는 해당 과세기간의 1월 1일부터 퇴직일까지 받은 근로소득입니다. 근로자가 낸 근로소득자 소득·세액 공제신고서에 따라 과세표준과 산출세액을 계산하고, 이미 원천징수한 세액과 적용할 수 있는 세액공제를 반영합니다.

기납부세액과 공제세액의 합계가 산출세액보다 많으면 회사는 그 차액을 근로자에게 환급해야 합니다. (소득세법 제137조 제2항) 반대로 추가로 원천징수할 세액이 생기면 징수하고 일반적인 원천세 납부기한은 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일입니다. (같은 법 제128조 제1항) 반기별 납부 승인을 받은 원천징수의무자는 별도의 기한을 적용합니다. (같은 법 제128조 제2항)

첫 직원의 퇴사라면 연말정산만 따로 보지 말고 입사 때부터 남아 있는 신고도 함께 확인해 보셔야 합니다. 첫 직원 채용 뒤 원천세와 4대보험 신고 순서를 함께 보시면 취득신고부터 지급명세서까지 이어서 점검할 수 있습니다.

공제신고서를 받지 못했다면 어떻게 정산하나요?

공제신고서가 없어도 중도퇴사자 연말정산을 건너뛸 수는 없습니다. 근로자가 공제신고를 하지 않은 경우 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용합니다. (소득세법 제137조 제3항·제140조)

본인 기본공제는 1명당 연 150만원입니다. (소득세법 제50조 제1항) 표준세액공제는 해당 요건을 충족한 근로소득자에게 연 13만원을 적용합니다. (같은 법 제59조의4 제9항 제1호) 회사가 확인하지 못한 부양가족이나 의료비 등을 임의로 반영해서는 안 됩니다.

빠진 공제는 근로자가 다음 해 5월 확정신고에서 반영할 수 있습니다. 2026년 근로소득의 확정신고 마감일은 2027년 5월 31일 월요일입니다. 연말정산으로 납부할 세액이 정리되지 않았거나 원천징수의무자가 연말정산을 하지 않았다면 확정신고 면제가 적용되지 않을 수 있습니다.