성실신고확인대상자 의료비 세액공제

Q: 2027년에 낸 의료비도 공제되나요?

2026년 8월 25일에 확인한 현행법은 2026년 귀속분까지만 의료비 공제를 허용합니다. ((조세특례제한법 제122조의3)) 2029년까지 연장하는 내용은 아직 입법예고 단계의 정부안이므로 최종 공포 법률과 부칙을 다시 확인해야 합니다.

어떤 사업자가 의료비 세액공제를 받을 수 있나요?

의료비 세액공제를 받을 수 있는 자격은 두 가지입니다. (조세특례제한법 제122조의3 제1항)

첫 번째는 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우입니다. 업종별 수입금액이 기준 이상이라는 사실만으로는 부족하고, 종합소득세 신고 때 확인서를 실제로 제출해야 합니다.

성실신고확인대상 기준은 업종에 따라 15억원, 7억 5천만원, 5억원입니다. 도소매업은 상품중개업을 제외하고 15억원이며, 상품중개업은 제조업·숙박음식점업·정보통신업 등과 같은 7억 5천만원 구간입니다. 전문서비스업·교육서비스업·보건업 등은 5억원 구간이므로 서비스업은 모두 5억원이라고 판단하면 안 됩니다. 업종별 범위와 겸업 계산은 성실신고확인 대상 기준금액에서 더 자세히 확인하실 수 있습니다.

두 번째는 소득세법상 성실사업자이면서 추가 요건을 모두 갖추는 경우입니다. (소득세법 제59조의4 제9항 제2호 가목, 조세특례제한법 제122조의3 제1항 제2호부터 제4호까지) 신용카드가맹점과 현금영수증가맹점에 모두 가입했거나, 법령이 정한 ERP·판매시점정보관리시스템 설비 등의 요건을 충족해야 합니다. 장부에 따라 신고하고 사업용계좌를 신고해 사용대상 금액의 3분의 2 이상을 사용해야 한다는 조건도 있습니다. 여기에 신고 수입금액이 직전 3개 과세기간 연평균의 50%를 초과해야 합니다. 과세기간이 3개에 못 미치면 사업 개시일이 속하는 과세기간과 직전 과세기간의 연평균을 사용합니다. 과세기간 시작일 현재 2년 이상 계속 사업했으며, 체납·조세범 처벌·세금계산서 위반·세무조사 과소신고 관련 요건도 충족해야 합니다. 복식부기의무자라면 사업용계좌 신고 요건부터 점검하는 편이 안전합니다.

계산 단계	금액
사업소득금액의 3%	300만원
공제대상 의료비	500만원
3% 초과 공제대상액	200만원
15% 세액공제 계산액	30만원

공제 뒤에 소득이 늘어나면 추징되나요?

단순히 매출이 늘었다는 이유로 추징되는 것은 아닙니다. 공제를 받은 과세기간의 사업소득금액을 과소 신고했고, 그 과소신고액이 경정된 사업소득금액의 법정 비율 이상이면 공제세액을 전액 추징합니다.

성실신고확인대상사업자로서 확인서를 제출한 경로는 10% 이상이 기준입니다. 법에서 별도로 정의한 성실사업자 경로는 20% 이상입니다. 추징되면 추징일이 속한 과세기간의 다음 과세기간부터 3개 과세기간 동안 의료비·교육비·월세 공제를 적용하지 않습니다.

이 사후관리 기준은 2025년 이후 과세기간에 적용되는 현행 규정입니다. 그보다 앞선 연도를 고칠 때는 당시 법령과 경과조치를 따로 확인해야 합니다.

2027년 이후에도 의료비 공제를 받을 수 있나요?

2026년 8월 25일 현재 확정된 답은 2026년 귀속분까지 입니다. 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 지출한 의료비·교육비와 지급한 월세에 적용됩니다. (조세특례제한법 제122조의3)

정부는 적용기한을 2029년 귀속분까지 3년 연장하는 법률안을 입법예고했습니다. 같은 정부안에는 별도의 월세 개정도 있습니다. 현행 월세 공제대상 요건을 유지하면서, 그 대상 중 정부 세제개편 상세자료상 15세부터 34세까지의 청년은 종합소득금액 4천500만원 구간과 관계없이 17%를 적용하는 내용입니다. 공제대상액을 연 1천만원에서 1천200만원으로 올리는 내용도 담겼습니다. 다만 법률안 본문은 나이를 직접 적지 않고 대통령령으로 정하는 청년이라고 위임했습니다.

하지만 2026년 8월 25일 정부입법현황에는 입법예고 단계만 표시됩니다. (정부입법현황 2000000328238) 국회 통과와 공포 전이므로 2027년 이후 의료비 공제가 확정됐다고 쓰거나, 월세 한도 1천200만원을 2026년 현행 기준으로 적용하면 안 됩니다. 2027년 지출분은 최종 공포 법률과 부칙을 다시 확인해야 합니다.

지난 신고에서 빠뜨렸다면 무엇부터 확인하나요?

일반적인 경정청구 기간은 5년이지만, 기간 안이라는 이유만으로 환급이 확정되지는 않습니다. 해당 과세연도에 성실신고확인서를 실제로 제출했는지, 별도 성실사업자 요건을 갖췄는지, 당시 적용기한 안의 지출인지, 의료비에서 실손의료보험금을 뺐는지부터 확인해야 합니다.

신청 서류와 최저한세·농어촌특별세까지 다시 계산한 뒤 청구할 세액이 있는지 판단해야 합니다. 기간 계산은 경정청구 5년 계산법을 참고하실 수 있습니다.

정리하며

성실신고확인대상사업자의 의료비 세액공제는 대상자 여부에서 끝나지 않습니다. 확인서를 실제로 제출하고 의료비 공제를 별도로 신청해야 하며, 일반 의료비는 사업소득금액의 3%를 넘는 공제대상액에 15%를 적용합니다.

이 글을 검색해서 보셨다면 성실신고확인 대상에 처음 들어왔거나 병원비가 컸던 해의 종합소득세를 다시 보고 계실 겁니다. 확인서 제출 여부, 가족별 의료비 구분, 실손의료보험금, 최저한세와 농어촌특별세를 한 번에 대조해야 환급 가능액을 과장하지 않을 수 있습니다.

개별 과세연도의 적용기한과 신고 자료를 함께 놓고 판단하기 어렵다면, 자료를 먼저 정리한 뒤 검토를 요청해 주세요. 받을 수 있는 공제와 추징 위험을 같은 기준으로 확인해 드리겠습니다.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

성실신고확인 대상이 아니어도 의료비 공제를 받을 수 있나요?

받을 수 있는 별도 경로가 있습니다. 수입금액 증가·계속 사업·성실신고 요건을 모두 충족해야 하므로, 사업용계좌만 신고했다고 바로 적용되지는 않습니다. (소득세법 제59조의4 제9항 제2호 가목, 조세특례제한법 제122조의3 제1항 제2호부터 제4호까지)

사업소득금액이 1억원이고 일반 의료비가 500만원이면 얼마를 공제하나요?

다른 의료비가 없다고 가정하면 3%인 300만원을 뺀 200만원에 15%를 적용해 소득세 공제 계산액은 30만원입니다. 다만 최저한세와 농어촌특별세 20%를 함께 반영해야 실제 부담 감소액이 정해집니다. (조세특례제한법 제132조 제2항, 농어촌특별세법 제5조 제1항)

배우자나 자녀의 의료비도 포함되나요?

실제로 지급한 적격 의료비라면 포함될 수 있습니다. 의료비의 기본공제대상자는 나이와 소득 제한을 받지 않지만, 지급받은 실손의료보험금과 미용·성형수술 비용, 건강증진을 위한 의약품 구입비용은 제외해야 합니다. (조세특례제한법 제122조의3 제2항, 소득세법 제59조의4 제2항, 같은 법 시행령 제118조의5 제1항·제2항)

2027년에 낸 의료비도 공제되나요?

2026년 8월 25일에 확인한 현행법은 2026년 귀속분까지만 의료비 공제를 허용합니다. (조세특례제한법 제122조의3) 2029년까지 연장하는 내용은 아직 입법예고 단계의 정부안이므로 최종 공포 법률과 부칙을 다시 확인해야 합니다.

성실신고확인대상자 의료비 세액공제 15% 공제 요건·계산·추징