사업자도 의료비 세액공제를 받는 길이 있습니다. 2026년 끝날 예정이던 제도, 3년 연장됩니다.

2026년 끝날 예정이던 제도, 3년 연장됩니다.

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

"직장 다닐 때는 연말정산에서 의료비 공제를 받았는데, 사업자가 되니 그게 없네요." 개원의나 자영업 대표님들과 상담하면서 자주 들었던 아쉬움입니다. 실제로 의료비·교육비·월세 세액공제는 근로소득자 전용 공제라, 사업소득만 있는 분들에게는 원칙적으로 없습니다.

그런데 예외 통로가 하나 있습니다. 조세특례제한법 제122조의3, 성실사업자와 성실신고확인서를 제출한 사업자에게 이 공제들을 열어 주는 조항입니다. 이 조항이 2026년 말로 끝날 예정이었는데, 지난 8월 3일 발표된 2026년 세제개편안이 2029년 말까지 3년 연장하는 내용을 담았습니다. 이와 함께 월세 공제는 한도가 연 1,200만 원으로 늘고 청년 사업자에게 17% 공제율이 신설됩니다.

이 글에서는 연장 소식과 함께, 애초에 이 공제를 몰라서 못 받아 온 분들을 위해 제도 자체를 정리해 드립니다.

어떤 사업자가 받을 수 있나요?

두 갈래입니다.

첫째, 성실신고확인대상사업자로서 성실신고확인서를 제출한 분. 수입금액이 업종별 기준(도소매업 15억 원, 제조업·음식점업 7억 5천만 원, 서비스업 5억 원) 이상이라 세무사의 성실신고확인서를 첨부해 신고하는 사업자입니다. 확인서 제출 자체가 공제 자격이 됩니다.

둘째, 조문상 성실사업자 요건을 갖춘 분. 해당 연도 신고 수입금액이 직전 3년 연평균의 50%를 초과하고, 2년 이상 계속 사업했으며, 체납·조세범 처벌·증빙 의무 위반 등이 없어야 합니다.

성실신고확인 대상이 되면 신고 부담이 늘어난다고 꺼리시는 분이 많은데, 이 공제는 그 부담의 반대급부인 셈입니다.

무엇을 얼마나 공제받나요?

근로자의 연말정산과 같은 구조를 사업소득에 맞게 옮겨 놓았습니다.

• 의료비: 사업소득금액의 3%를 초과하는 금액의 15% 세액공제 (미숙아·선천성이상아 의료비 20%, 난임시술비 30%. 일반 의료비의 공제 대상 금액은 연 700만 원 한도이고 본인·65세 이상·장애인 등은 한도가 없습니다). 근로자 계산식의 "총급여액" 자리에 사업소득금액이 들어갑니다.
• 교육비: 지출액의 15%.
• 월세: 무주택자이면서 종합소득금액 7천만 원 이하라면 월세액의 15%(종합소득금액 4,500만 원 이하는 17%), 연 1천만 원 한도.

공제는 사업소득에 대한 소득세에서만 하고, 그 해 소득세를 초과하는 부분은 사라집니다.

한 가지 무거운 단서가 있습니다. 나중에 경정으로 드러난 과소신고 사업소득금액이 경정된 소득금액의 일정 비율(성실신고확인대상자 10%, 성실사업자 20%) 이상이면 공제세액이 전액 추징되고, 이후 3개 과세기간 동안 공제가 배제됩니다. 성실 신고가 전제인 공제라는 뜻입니다.

이번 개편안에서 무엇이 바뀌나요?

정확히 구분해서 말씀드리겠습니다.

몸통은 일몰 연장입니다. 현행 조문은 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도까지만 적용됩니다. 즉 2026년 귀속분이 마지막이 될 예정이었는데, 개편안이 일몰을 2029년 말까지 3년 연장하는 내용을 담았습니다. 통과되면 2027~2029년 귀속분까지 계속 받을 수 있습니다.

확대되는 것은 월세 부분입니다. 공제대상 월세 한도가 연 1,000만 원에서 1,200만 원으로 늘고, 청년(15~34세) 사업자에게는 월세 공제율 17%가 신설됩니다. 적용은 2027년 1월 1일 이후 지급하는 월세분부터입니다.