중소기업 특별세액감면, 폐업한 해도 받나요?

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

"한 해 중간에 사업장을 닫고 그해 소득에도 감면을 적용해 신고했습니다. 세무서가 연말까지 사업을 하지 않았다며 감면을 부인하는 고지서를 보냈는데, 다툴 수 있나요?"

2002년 감면세액 사용 제한(감면받은 세액만큼을 고정자산 투자나 차입금 상환에 쓰게 한 규정)이 폐지된 뒤의 과세연도라면, 감면 업종과 규모 요건을 갖춘 사업장의 감면을 폐업했다는 이유만으로 부인한 처분을 조세심판원이 취소했습니다. 다만 감면 업종을 경영하지 않았다면 폐업과 관계없이 감면받지 못합니다. 법원 판결 가운데는 사용 제한이 폐지된 뒤의 과세연도에도 폐업을 감면 부인 이유로 든 것이 있습니다.

아래에서

①폐업한 해 감면을 두고 다투는 조문
②국세청 해석이 2002년 전후로 달라진 내용
③감면을 인정한 결정과 회신
④인정하지 않은 판결과 각 판단의 관계
⑤결론을 달리한 사정

순서로 봅니다.

폐업연도 특별세액감면은 무엇을 두고 다투나요?

중소기업 특별세액감면은 감면 업종을 경영하는 중소기업에 대해 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세나 법인세에 감면 비율을 곱한 세액을 감면합니다. 조문에는 과세연도 중에 폐업하면 감면하지 않는다는 문언이 없습니다.

조세특례제한법 제7조2026. 9. 18. 시행

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. …

(이하 생략)

다툼은 과세연도가 끝나는 날까지 사업을 하고 있어야 감면하느냐입니다. 감면을 부인하는 세무서는 개인사업자라면 그해 12월 31일 현재 그 사업장에서 사업을 하고 있어야 한다고 봅니다. 납세자는 조문에 없는 요건을 덧붙여 감면을 부인할 수 없다고 주장합니다.

국세청은 폐업연도 감면을 어떻게 보나요?

국세청은 사용 제한 폐지 규정이 적용되는 2002년 과세연도에 폐업한 법인과 개인사업자도 그해 감면을 적용받을 수 있다고 회신했습니다.

사용 제한이 있던 때에는 폐업하면 감면세액을 정해진 용도에 쓸 수 없었고, 쓰지 않으면 감면세액에 이자상당가산액을 더해 추징했습니다. 그래서 국세청은 2000년에 감면세액을 쓰지 않고 폐업한 개인사업자는 폐업한 해 소득에 감면을 받을 수 없다고 회신했습니다(소득46011-589).

사용 제한은 2002년 12월 11일 폐지됐고, 폐지 규정은 그날이 속하는 과세연도의 감면부터 적용됐습니다. 2003년에 국세청은 2002년 11월에 폐업한 개인사업자의 질의에, 2002사업연도 중 폐업해도 감면을 적용받을 수 있다는 법인 회신(서이46012-10540)을 그대로 보내 답했습니다(서일46011-10416).

이런 회신에도 2020년 귀속분 사건에서는 지방국세청 감사 지시를 받은 세무서가 폐업한 해 감면을 부인했습니다. 세무서는 대법원 2005두685·2020두52047·2020두40518 판결이 같은 취지라고 주장했습니다(조심 2025서2928).

감면세액 사용 제한 폐지: 조세특례제한법 제145조, 법률 제6762호 부칙 제1조·제25조

폐업연도 특별세액감면을 인정한 경우는?

두 사례 모두 2002년 12월 11일이 속하는 과세연도 이후의 일입니다.

서울에서 건설업·주택신축판매업을 하던 개인사업자가 2020년 중 사업장을 폐업하고 그해 소득에 감면을 적용해 신고했습니다. 업종 요건과 소기업 요건(매출액이 업종별 기준 이내일 것)을 갖췄다는 점은 세무서도 다투지 않았고, 부인 이유는 폐업 하나였습니다. 심판원은 조문에 폐업 배제 문언이 없고, 사용 제한이 폐지됐으며, 그 뒤 국세청 회신도 폐업한 해 감면을 인정했다는 이유로 처분을 취소했습니다(조심 2025서2928).
1월 1일부터 12월 31일까지를 사업연도로 하는 법인이 2002년 중 폐업하고 그 사업연도 감면을 물었습니다. 국세청은 사용 제한 폐지 규정이 2002년 12월 11일이 속하는 과세연도부터 적용되므로, 그 사업연도 법인세 신고 때 감면을 적용받을 수 있다고 회신했습니다(법인46012-182).

폐업연도 특별세액감면을 인정하지 않은 경우는?

제조업을 하던 개인사업자가 사용 제한이 있던 2001년 중 폐업한 사건입니다. 대법원은 감면세액을 정해진 용도에 사용하는 것을 이 감면의 전제로 보아, 과세연도가 끝나는 날 사업을 하고 있어야 감면한다고 판시했습니다(대법원 2005두685).
주택을 지어 분양한 개인사업자들이 2015·2016년 귀속 소득에 건설업으로 감면을 신고했는데, 앞의 2020년 귀속 사건과 달리 건설업에 해당하는지부터 다퉈졌습니다. 서울고등법원은 공사를 다른 회사에 일괄 도급했고 건설업 등록이 없으며 공사를 총괄해 책임질 능력이 증명되지 않았다는 이유로 건설업이 아니라고 판시했습니다. 이어서 원고 4명 가운데 2명은 과세연도 중 폐업했으므로 그 점에서도 감면 대상이 아니라고 덧붙였습니다(서울고등법원 2019누65162).

패소한 사업자들이 상고했지만 대법원은 심리불속행으로 상고를 기각해 서울고등법원 판결이 확정됐습니다(대법원 2020두52047).

세무서가 든 대법원 판결 세 건 가운데 이유를 들어 계속사업을 요구한 판결은 사용 제한이 있던 2001년 귀속분의 2005두685이고, 나머지 두 건은 심리불속행으로 끝났습니다. 심판원은 세무서가 든 이 대법원 판결들과 세무서가 제출한 서울고등법원 2019누65162 등을 결정 이유에서 따로 평가하지 않고 처분을 취소했습니다(조심 2025서2928).

사용 제한 폐지 전 규정: 조세특례제한법 제145조, 제146조

폐업연도 감면은 무엇을 보고 판단했나요?

사용 제한 폐지 전 귀속분은 대법원이 감면 부인을 유지했고, 폐지 뒤 귀속분에는 감면을 인정한 결정과 부인을 유지한 결정·판결이 함께 있습니다.

귀속 과세연도: 2001년 귀속분은 대법원이 감면 부인 처분을 유지했습니다(대법원 2005두685). 폐지 뒤 귀속분은 2020년 귀속 사건에서 심판원이 처분을 취소했지만, 폐업을 이유로 들어 처분을 유지한 법원 판결도 있습니다.
부인 이유가 폐업 하나인지: 업종 요건과 소기업 요건에 다툼이 없던 2020년 귀속 사건은 처분이 취소됐습니다(조심 2025서2928).
감면 업종을 실제로 경영했는지: 공사를 일괄 도급하고 건설업 등록이 없던 주택신축판매업은 건설업으로 보지 않았습니다(서울고등법원 2019누65162).

폐업과 별개로 감면을 배제하는 사유도 있습니다. 기한 후 신고를 했거나 무신고로 세무서가 결정한 해에는 감면이 배제됩니다. 사업용계좌 신고 의무가 있는 사업자가 정당한 사유 없이 계좌를 신고하지 않았다면 그 과세기간 해당 사업장의 감면을 받지 못합니다.

감면 배제 사유: 조세특례제한법 제128조 제2항·제4항

정리하며

확인할 것은 다음입니다.

감면을 적용한 과세연도에 감면 업종을 실제로 경영했고 중소기업·소기업 요건을 갖췄는지
고지서나 통지서에 적힌 감면 부인 이유가 폐업 하나인지
고지서를 받은 날부터 90일인 이의신청·심사청구·심판청구 기한이 지나지 않았는지
기한 후 신고, 무신고 결정, 신고 의무가 있는 사업자의 사업용계좌 미신고처럼 폐업과 별개인 배제 사유가 있는지

업종 요건이 함께 문제 됐거나 다툴 기간을 계산하기 어렵다면 상담 신청을 남겨 주세요.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

폐업연도 감면을 부인하는 고지서를 받았다면 언제까지 다투나요?

고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청, 심사청구, 심판청구 가운데 하나를 냅니다. 이의신청을 거쳤다면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 합니다. (국세기본법 제61조, 제66조, 제68조)

폐업한 해 신고 때 감면을 적용하지 않았다면 경정청구 되나요?

기한 안에 신고한 해라면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 다만 기한 후 신고를 했거나 신고하지 않아 세무서가 결정한 해에는 이 감면이 배제됩니다. (국세기본법 제45조의2 제1항, 조세특례제한법 제128조 제2항)

폐업한 법인의 감면은 국세청이 어떻게 회신했나요?

국세청은 2002사업연도 중 폐업한 법인도 그 사업연도 법인세 신고 때 감면을 적용받을 수 있다고 회신했습니다. 사용 제한 폐지 규정이 2002년 12월 11일이 속하는 과세연도부터 적용된다는 이유였습니다. (조세특례제한법 제7조 제1항, 법인46012-182)