공공임대 분양전환 양도세, 바로 팔면 비과세인가요?

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

공공임대 아파트에 6년 넘게 거주하다 분양전환을 받았습니다. 몇 달 뒤 그 집을 팔려고 하니 보유기간 2년을 채우지 못했습니다.

임차일부터 양도일까지 세대전원이 5년 이상 거주한 민간건설임대·공공건설임대·공공매입임대주택은, 양도일 현재 그 세대가 국내에 1주택이면 분양전환 직후 양도해도 보유기간과 거주기간의 제한 없이 비과세됩니다. 다만 12억원 초과분 양도차익과 요건을 갖추지 못해 과세되는 양도차익에는 분양전환으로 취득한 날부터 보유기간이 1년 미만이면 70%, 1년 이상 2년 미만이면 60%의 세율이 적용됩니다.

아래에서

① 5년 거주 특례의 요건과 대상 임대주택
② 5년 거주와 1주택을 판단하는 기준과 시점
③ 70%·60% 세율이 적용되는 양도차익과 보유기간
④ 특례를 인정한 해석
⑤ 특례를 인정하지 않은 해석

순서로 봅니다.

임대주택 5년 거주 비과세 요건은 무엇인가요?

양도일 현재 국내에 1주택인 세대가 대상 임대주택을 취득해 양도하고, 임차일부터 양도일까지 세대전원이 거주한 기간이 5년 이상이어야 합니다. 이 요건을 갖추면 보유기간 2년과, 취득 당시 조정대상지역 주택에 붙는 거주기간 2년을 채우지 않아도 됩니다.

소득세법 시행령 제154조 제1항2026. 10. 1. 시행

① … 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 …

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간건설임대주택이나 「공공주택 특별법」에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(재정경제부령으로 정하는 취학, …)한 기간이 5년 이상인 경우

(이하 생략)

대상 임대주택은 아래와 같고, 민간매입임대주택은 포함되지 않습니다.

민간건설임대주택: 등록한 임대사업자가 건설해 임대하는 주택 등
공공건설임대주택: 공공주택사업자가 직접 건설해 공급하는 공공임대주택
공공매입임대주택: 공공주택사업자가 매매 등으로 취득해 공급하는 공공임대주택

공공매입임대주택은 2022년 2월 15일 이후 양도분부터 특례 대상입니다.

대상 임대주택과 적용 시점: 소득세법 시행령 제154조 제1항 본문, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호·제3호, 공공주택 특별법 제2조 제1호의2·제1호의3, 대통령령 제32420호 부칙 제2조 제2항

5년 거주는 무엇으로, 언제 기준으로 판단하나요?

5년은 임차일부터 양도일까지 세대전원이 거주한 기간을 통산하므로 분양전환 뒤 거주한 기간도 포함되고, 1주택 여부는 양도일 현재로 판단합니다.

거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지이고, 실제 거주와 다르면 실제 거주로 판단합니다. 국세청은 혼인 전 거주 기간과 혼인 후 배우자·자녀와 함께 거주한 기간을 통산한다고 회신했습니다.

세대원 일부가 취학(초등학교·중학교 제외), 근무상의 형편, 1년 이상 치료나 요양이 필요한 질병 등 부득이한 사유로 다른 시·군으로 주거를 옮겨 거주하지 못한 기간도 세대전원이 거주한 기간에 포함됩니다.

거주기간 계산: 소득세법 시행령 제154조 제6항, 부동산거래관리과-344, 사전-2025-법규재산-1100 / 부득이한 사유: 소득세법 시행규칙 제71조 제3항

분양전환 뒤 2년 안에 양도하면 70%·60%인가요?

70%·60%는 비과세되지 않는 양도차익에만 적용됩니다.

고가주택의 12억원 초과분 양도차익
특례 요건을 갖추지 못해 과세되는 양도차익 전체

고가주택인지는 주택과 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액 합계가 12억원을 넘는지로 판정하고, 공동명의 지분만 양도해도 주택 전체 가액으로 봅니다.

소득세법 제104조 제1항·제2항2026. 7. 1. 시행

2. … 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것　양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 …), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]

3. … 그 보유기간이 1년 미만인 것　양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)

(중략)

② 제1항제2호ㆍ제3호 및 제11호가목의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. …

세율을 정하는 보유기간은 임차일이 아니라 분양전환으로 취득한 날부터 양도일까지이고, 2년 이상이면 기본세율입니다. 개인지방소득세는 양도소득세와 별도로 과세표준의 7%·6%입니다.

양도소득세 취득시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이고, 그 전에 소유권이전등기를 했으면 등기접수일입니다.

12억원 초과분의 장기보유특별공제도 분양전환으로 취득한 날부터 3년 이상 보유해야 받습니다. 국세청은 이 공제의 거주기간을 보유기간 중 실제 거주한 기간으로 산정한다고 회신해, 5년 거주 판정과 달리 임차해 거주한 기간은 포함되지 않습니다.

다른 주택이 있어 다주택 중과 대상이면 중과세율 세액과 70%·60% 세액 중 큰 세액을 냅니다.

고가주택: 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제156조 제1항·제160조 제1항 / 지방소득세와 취득시기: 지방세법 제103조의3 제1항, 소득세법 시행령 제162조 제1항 / 장기보유특별공제와 중과: 소득세법 제95조 제2항·제4항, 서면-2022-법규재산-4975, 사전-2024-법규재산-0434, 소득세법 제104조 제7항

5년 거주 특례를 인정한 경우는?

공공건설임대주택을 분양전환받아 2주택이 된 세대가 먼저 보유하던 다른 주택을 별도세대인 모친에게 부담부증여한 뒤 임대주택을 양도하려 했습니다. 국세청은 1주택 여부를 양도일 현재로 판정하므로 임차일부터 양도일까지 5년 이상 거주했다면 보유기간과 거주기간의 제한을 받지 않는다고 회신했습니다(서면-2021-법규재산-0626).
2014년 입주한 공공건설임대주택을 2021년 분양전환받아 2024년 양도하려던 세대가 5년을 계속 거주해야 하는지 물었습니다. 국세청은 임차일부터 양도일까지 전출한 기간이 있어도 그 기간을 제외한 나머지 거주기간을 통산해 5년 이상이면 된다고 회신했습니다(사전-2024-법규재산-0154).

5년 거주 특례를 인정하지 않은 경우는?

2004년 9월 건설임대주택에 입주해 2007년 8월 분양받고 2008년 11월 양도해, 임차일부터 양도일까지 거주가 5년에 못 미쳤습니다. 국세청은 5년 미만 거주라 비과세를 받을 수 없고, 보유기간 1년 이상 2년 미만 주택의 세율을 적용한다고 회신했습니다(부동산거래관리과-828).
2004년 입주한 건설임대주택을 2009년 분양 등기로 취득하기 전인 2008년에 다른 주택을 취득했고, 두 주택을 보유한 채 임대주택을 양도했습니다. 국세청은 종전 주택을 양도할 때 1주택으로 보는 일시적 2주택 특례가 나중에 취득한 임대주택의 양도에는 적용되지 않는다고 회신했습니다(재산세과-540). 양도일 현재 2주택이라 5년 거주와 관계없이 과세됩니다.

정리하며

양도일 현재 1주택 세대가 세대전원 5년 이상 거주한 민간건설임대·공공건설임대·공공매입임대주택은 보유·거주기간 제한 없이 비과세, 민간매입임대주택은 제외
5년은 임차일부터 양도일까지 분양전환 전후 거주를 통산
70%·60%는 12억원 초과분과 요건을 못 갖춰 과세되는 양도차익에 적용, 보유기간은 분양전환으로 취득한 날부터
장기보유특별공제는 분양전환 뒤 3년 이상 보유해야 적용

거주기간이나 양도 시기 판단이 어렵다면 매매계약 전에 양도세 신고 상담 안내를 보고 상담 신청을 남겨 주세요.

담연 세무회계 대표세무사 반채웅이었습니다. 감사합니다.

자주 묻는 질문

민간임대 아파트를 분양전환받아도 같나요?

등록한 임대사업자가 건설해 임대한 민간건설임대주택이면 같습니다. 매매 등으로 취득해 임대한 민간매입임대주택은 5년을 거주해도 특례 대상이 아닙니다(소득세법 시행령 제154조 제1항 제1호, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호·제3호).

임차인과 분양받은 사람이 달라도 되나요?

같은 세대원이면 됩니다. 국세청은 임대차계약자와 분양받은 사람이 다르고 같은 세대원도 아니면 비과세되지 않으며, 같은 세대원인지는 실질적인 생활관계로 판단한다고 회신했습니다(서면-2020-부동산-2128).

이미 과세로 신고했다면 경정청구 되나요?

특례 요건을 갖춘 주택을 과세로 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구할 수 있습니다. 공공매입임대주택을 2022년 2월 15일 전에 양도했다면 이 특례로 경정청구할 수 없습니다(국세기본법 제45조의2 제1항, 대통령령 제32420호 부칙 제2조 제2항).