용도변경 장기보유특별공제, 어떻게 계산하나요?
이 글은 작성일 (2026년 10월 9일) 현재 시행 중인 법령을 전제로 설명합니다.
안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.
"1층 상가를 주택으로 바꿔 6년 넘게 살았습니다. 팔 때 공제는 처음 산 날부터 1주택 공제율로 받나요?"
상가를 주택으로 바꾸고 양도 시 1세대 1주택(거주 2년 이상)이면, 처음 산 날부터 1세대 1주택 공제율(표2)을 적용하지 않습니다. 상가로 보유한 기간에는 일반 공제율(표1), 주택으로 보유한 기간에는 표2를 적용해 더합니다. 주택을 상가로 바꿔 팔면 파는 날 주택이 아니므로 표1(최대 30%)로 계산합니다. 다주택 중과 대상이면 상가를 주택으로 바꾼 건물은 공제가 없고, 주택을 상가로 바꾼 건물은 용도변경일부터 보유기간을 계산합니다.
아래에서 ①두 표와 네 가지 경우 ②상가를 주택으로 바꾼 예시 ③주택을 상가로 바꾼 예시 ④매매계약 뒤 용도변경·개정안 ⑤계산 전에 챙길 날짜·거주기간·주택 수 순서로 봅니다.
용도를 바꾼 건물의 공제율은 어떻게 계산하나요?
양도일 현재 1세대 1주택이고 보유기간 중 2년 이상 거주했으면 표2, 그 밖의 건물과 토지는 표1을 적용합니다. 표1은 3년 이상 보유하면 6%이고 15년 이상이면 30%입니다. 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택은 어느 표로도 공제하지 않습니다.
소득세법 제95조 제5항2026. 7. 1. 시행⑤ 제2항 단서에도 불구하고 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 사용하거나 공부상의 용도를 주택으로 변경하는 경우로서 그 자산이 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산인 경우 장기보유 특별공제액은 그 자산의 양도차익에 제1호에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 제2호에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
(이하 생략)
제5항은 2025년 1월 1일 이후 양도분부터 적용합니다. 조문의 제1호·제2호 공제율은 각각 아래 계산식으로 정합니다.
- 제1호 보유기간별 공제율: 상가로 보유한 기간의 표1 공제율 + 주택으로 보유한 기간의 표2 보유기간별 공제율(40%를 넘으면 40%)
- 제2호 거주기간별 공제율: 주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간의 표2 거주기간별 공제율
주택으로 보유한 기간은 실제로 주거용으로 쓰기 시작한 날부터 계산합니다. 그날이 분명하지 않을 때만 건축물대장 용도를 주택으로 바꾼 날이 기준입니다.

