합산배제 임대주택 사업자등록 업종이 달라도 인정

안녕하세요. 담연 세무회계 대표세무사 반채웅입니다.

주택과 상가가 함께 있는 건물 한 채를 2017년부터 통째로 세놓았습니다. 세무서 사업자등록은 그해 「부동산 임대」로 했고 업종코드는 비주거용 건물 임대업(701201)이었습니다. 2021년 9월 30일 지자체에 임대사업자 등록을 하고 같은 날 종합부동산세 합산배제 신고를 했습니다. 합산배제 신고는 그 주택을 종합부동산세 계산에서 빼 달라는 신고입니다. 2025년 12월 1일, 세무서가 2021년부터 2024년 귀속 종합부동산세를 한꺼번에 고지했습니다. 주택임대업으로 사업자등록을 하지 않았으니 합산배제 임대주택이 아니라는 이유였습니다.

합산배제 임대주택의 사업자등록 요건은 업종이 주택임대업이 아니어도 갖춘 것으로 봅니다. 지자체 임대사업자 등록이 있고 실제로 주택을 세놓고 있는 경우입니다. 2026년 2월 27일 시행령 개정으로 요건 문언에서 「주택임대업」이 빠졌고, 그 전 연도분도 조세심판원이 같은 판단을 내렸습니다. 심판원은 2026년 8월 19일 위 사건에서 네 개 연도의 부과처분을 전부 취소했습니다. (조심 2026소1726) 처분에 불복해 심판청구를 낸 날은 개정 시행령이 공포·시행된 2026년 2월 27일이었습니다. 근거는 실질과세 원칙과 개정 시행령의 부칙 두 가지입니다. 이 결정은 그 사건 사실관계에 따른 개별 결정입니다. 임대료 증가율 5%, 유형별 의무임대기간, 공시가격 상한 같은 다른 요건은 그대로 갖춰야 합니다.

사업자등록증 업종이 주택임대업이 아니면 합산배제 임대주택이 아닌가요?

업종 기재만을 이유로 합산배제 임대주택에서 제외되지 않습니다.

합산배제 임대주택은 민간임대주택법에 따라 등록한 임대사업자가 세무서 사업자등록을 하고 과세기준일(6월 1일) 현재 임대하는 주택 가운데 유형별 요건을 갖춘 것입니다. (종합부동산세법 제8조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제3조 제1항) 유형별 임대기간·공시가격·9월 신고 절차는 종부세 합산배제 임대주택 요건에서 확인합니다.

사업자등록 문언은 시기에 따라 다릅니다.

1. 2008년 2월 22일부터 2026년 2월 26일까지: 「주택임대업 사업자등록」 (대통령령 제20625호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항)
2. 2026년 2월 27일부터: 「사업자등록」 (대통령령 제36132호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항)

국세청은 개정 전 문언 아래서 두 번 회신했습니다. 주택임대업이 아닌 부동산 임대업 등으로 사업자등록을 했으면 합산배제를 적용받을 수 없다는 회신입니다. 합산배제 신고기한인 9월 30일까지 사업자등록을 정정해 주택임대업을 추가하면 그 신고기한이 속하는 과세연도부터 적용된다는 회신도 있습니다. 둘 다 법인 사안이고 개정 전 문언에 대한 해석입니다. 개정 뒤에 폐지되거나 변경됐다는 표시는 확인하지 못했습니다.